在有分公司的情况下，都在总公司报税是否合法，这主要取决于分公司是否为独立核算的分支机构以及具体的税务规定。以下从不同角度进行分析：
分公司非独立核算的情况：
- 如果分公司并非独立核算的分支机构，即其财务和税务均由总公司统一管理，那么在这种情况下，所有税务事项，包括报税，均由总公司负责处理是合法的。这是因为非独立核算的分公司并不具备独立的财务和税务处理能力，其所有经济活动均视为总公司的经济活动的一部分。
分公司独立核算的情况：
- 如果分公司是独立核算的分支机构，即其拥有独立的财务和税务处理系统，能够独立计算盈亏并承担税务责任，那么在这种情况下，分公司应当自行进行税务申报和缴纳。总公司不能代替分公司进行报税，否则可能构成税务违规。独立核算的分公司需要按照税法规定，独立计算应纳税额，并按时向税务机关申报缴纳。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关税法规定，纳税人应当按照税法规定进行税务申报和缴纳。对于独立核算的分支机构，其税务申报和缴纳应当独立进行，不得由总公司或其他机构代为处理。
- 建议企业在设立分公司时，明确分公司的核算方式（独立核算或非独立核算），并根据核算方式合理规划税务申报和缴纳事宜。如果分公司为独立核算，应确保其具备独立的财务和税务处理能力，并按时进行税务申报和缴纳。
可能的法律后果：
- 如果分公司为独立核算但由总公司代为报税，可能面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。同时，这种违规行为还可能影响企业的信用记录，对企业的长期发展产生不利影响。
综上所述，有分公司的情况下是否都在总公司报税合法，取决于分公司的核算方式。如果分公司非独立核算，由总公司报税是合法的；如果分公司独立核算，则应由分公司自行报税。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。