结论：在本公司列支工资，但由其他公司代扣代缴个人所得税，这种做法在一般情况下是不合法的，可能涉及税务违规和法律责任。

分析：

1. 税务合规性角度：

   • 根据我国税法的相关规定，个人所得税的扣缴义务人应为支付所得的单位或者个人。也就是说，谁支付工资，谁就应该负责代扣代缴个人所得税。
   • 如果工资由本公司列支，但个人所得税却由其他公司代扣代缴，这明显违反了税法的规定，可能导致税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。

2. 法律责任角度：

   • 从法律责任的角度来看，本公司作为工资支付方，有义务确保个人所得税的正确代扣代缴。如果由其他公司代扣代缴，一旦出现税务问题，本公司可能难以推卸责任。
   • 此外，如果其他公司代扣代缴个人所得税的行为被认定为违规，那么本公司也可能因为与违规行为有关联而承担一定的法律责任。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，如果本公司与代扣代缴个人所得税的其他公司之间存在某种特殊关系（如关联公司、母子公司等），并且这种安排得到了税务机关的认可或批准，那么可能存在一定的合法性。但这种情况非常特殊，且需要严格的税务合规程序和文件支持。
   • 一般情况下，这种安排很难得到税务机关的认可，因为税务机关更倾向于确保税收的准确性和合规性，避免税收流失和违规行为的发生。

建议：

• 本公司应严格按照税法的规定，自行负责代扣代缴个人所得税，确保税务合规性。
• 如果确实需要由其他公司代扣代缴个人所得税（如因特殊业务安排或税务筹划需要），应事先与税务机关沟通并获得批准，同时确保相关文件的完整性和合规性。
• 如有任何疑问或不确定之处，应及时咨询专业的税务律师或税务机构，以避免潜在的税务风险和法律责任。

后续行动：

• 如果您或您的公司已经涉及了此类安排，建议立即进行税务合规性审查，确保所有税务事项均符合税法的规定。
• 如有需要，可以向我咨询具体的税务合规方案或法律风险防范措施。