结论：企业代付其他项目人工工资款并申报个人所得税是否合法，需分情况讨论，关键在于是否存在真实的劳务关系及是否依法履行代扣代缴义务。
若存在真实劳务关系，且企业依法代扣代缴个税，则合法
根据《个人所得税法》及实施条例，企业作为支付方（即使非员工劳动关系），若实际支付了劳务报酬，需按“劳务报酬所得”或“工资薪金所得”代扣代缴个人所得税。例如：
- 企业委托第三方提供临时劳务（如装修、咨询），支付费用后需按20%-40%预扣率代扣个税，并向税务机关申报；
- 若企业将部分业务外包，支付给个人承包者，需按“经营所得”由个人自行申报，但企业若实际支付款项，可能需履行信息报告义务。
关键点：需留存劳务合同、付款凭证、个税代扣记录等证据，证明交易真实性。
若不存在真实劳务关系，仅通过企业“走账”代付工资，则涉嫌违法
若企业与收款人无实际劳务关系，但通过虚构交易、虚开发票等方式代付工资并申报个税，可能涉及以下风险：
- 税务违法：根据《税收征收管理法》，虚构交易逃避纳税义务的，税务机关可追缴税款、加收滞纳金，并处0.5倍至5倍罚款；
- 刑事风险：若通过企业账户虚开发票、套取资金，可能触犯《刑法》第二百零五条（虚开发票罪）或第二百七十一条（职务侵占罪）；
- 劳动合规风险：若企业代付非本公司员工工资，可能被认定为“事实劳动关系”，需承担未签劳动合同、未缴社保等法律责任。
典型案例：某企业为规避个税，将高管工资拆分为“临时劳务费”通过关联公司发放，最终被税务机关查处，补税并罚款数百万元。
特殊情形：集团内部调拨资金代付工资
若企业与关联公司存在资金调拨协议，且实际劳务关系属于集团内另一主体，需满足以下条件才合法：
- 签订书面协议明确资金调拨及个税代扣责任；
- 代付方按实际支付金额代扣个税，并向税务机关备案；
- 避免通过代付掩盖逃避社保、个税等义务。
风险提示：集团内部代付易被税务机关认定为“利用政策漏洞避税”，需谨慎操作。
建议：
- 企业代付工资前，务必确认劳务关系真实性，留存合同、考勤、工作成果等证据；
- 避免通过个人账户或现金支付工资，所有款项需通过企业公户流转并申报个税；
- 若涉及复杂交易结构（如集团代付、临时用工），建议提前咨询税务机关或律师，确保合规。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的合规方案。