结论前置：公司支付借款利息时代扣代缴个人所得税是合法的，且是支付方的法定义务。以下从不同角度详细分析：
一、法律依据与税率规定
根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，利息、股息、红利所得明确属于应当缴纳个人所得税的范畴。对于这类所得，适用比例税率，税率为百分之二十。具体到借款利息，无论是个人之间的借款还是企业向个人借款，只要产生了利息收入，且该利息收入不属于免税范围（如国债和国家发行的金融债券利息），就需要缴纳个人所得税。
二、公司支付借款利息时的代扣代缴义务
纳税义务与扣缴义务人：
- 个人从借款中获得的利息收入，被视为个人所得税的应税项目，应依法缴纳税款。
- 支付利息的公司或个人为扣缴义务人，有责任在支付借款利息时代扣代缴个人所得税。
代扣代缴的操作流程：
- 确定应纳税所得额：公司需准确核算应支付给个人的利息金额，该金额即为应纳税所得额。
- 计算应纳税额：根据应纳税所得额乘以20%的税率来计算应纳税额。计算公式为：应纳税额 = 利息金额 × 20%。
- 代扣税款：在支付利息时，直接从支付的利息款项中扣除应代扣的个人所得税税款。
- 申报缴纳：扣缴义务人应在次月15日内，向主管税务机关报送《个人所得税扣缴申报表》，并将代扣的税款解缴入库。
- 提供税收凭证：公司需向纳税人提供相关的税收凭证或证明。
三、特殊情况下的税务处理
免税利息：
- 国债和国家发行的金融债券利息是免征个人所得税的。因此，如果借款利息来源于此类债券，则无需扣缴个人所得税。
企业向个人借款的税务处理：
- 如果企业向个人借款并支付利息，且双方签订了借款合同且利率不高于银行同类同期贷款利率，企业可凭合同和证明在税前扣除利息支出。但超出部分不能在税前扣除，且需依法代扣代缴个人所得税。
四、法律责任
扣缴义务人的责任：
- 如果扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款，税务机关将向纳税人追缴税款，并对扣缴义务人处以应扣未扣、应收未收税款50%以上3倍以下的罚款。
纳税人的责任：
- 纳税人取得利息所得，若扣缴义务人未扣缴税款，纳税人应在次年6月30日前自行缴纳税款。如税务机关通知限期缴纳，纳税人需按期缴纳，否则将面临加收滞纳金等处罚。
五、实际操作中的建议
- 增强合规意识：公司和个人都应增强税收合规意识，确保税收的及时、足额入库。
- 准确申报与代扣代缴：公司应准确计算并代扣代缴个人所得税，避免漏报或错报。
- 主动了解税法：个人在收到借款利息时，应主动了解并遵守相关税收法规，确保自身合法合规。
总结：公司支付借款利息时代扣代缴个人所得税是合法的，且是支付方的法定义务。公司应严格按照税法规定操作，确保税款的正确扣缴和上缴。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。