关于分公司为总公司员工代缴社保是否合法的问题，这需要从多个角度进行详细分析。
首先，我们要明确的是，社保的缴纳应当建立在真实且有效的劳动雇佣关系之上。这意味着，员工需要与用人单位（在这里是总公司）签署并生效的劳动合同作为缴纳社保的法律依据。社保制度的设计初衷是为了保障具有真实劳动关系的员工的权益，因此，任何非基于真实劳动关系的社保代缴行为，都可能存在合规风险。
接下来，我们具体分析分公司为总公司员工代缴社保的情况：
非真实劳动关系下的代缴：
- 如果分公司与总公司员工之间并没有建立真实的劳动关系，而仅仅是为了代缴社保而进行的操作，那么这种行为很可能被视为不合规。因为社保的缴纳需要基于真实的劳动关系，而虚构劳动关系进行代缴，不仅违反了社保法的相关规定，也可能损害到其他依法缴纳社保的员工的权益。
具备真实劳动关系但操作不当：
- 即使分公司与总公司员工之间存在真实的劳动关系，但如果代缴过程中存在操作不当，如未按照规定的缴费基数和比例进行缴纳，或者未及时办理社保登记和变更手续等，也可能导致代缴行为的不合规。
合法合规的代缴情形：
- 当然，也存在一些合法合规的代缴情形。例如，如果分公司作为总公司的分支机构，在内部管理上被授权负责总公司的部分人事和社保工作，并且这种代缴行为是基于真实的劳动关系，且严格按照社保法的规定进行操作，那么这种代缴行为就是合法的。
此外，我们还需要注意到，对于灵活就业人员、自由职业者等没有固定工作单位的群体，他们有权选择以自由职业者或个体劳动者的身份直接缴纳社保，或者通过具备相关资质和合规经营的代缴社保公司进行代缴。但这并不适用于分公司为总公司员工代缴社保的情况。
结论与建议：
- 一般情况下，分公司为总公司员工代缴社保，如果并非基于真实的劳动关系，或者操作过程中存在不当行为，那么这种代缴行为是不合法的。
- 为了确保社保代缴的合法性和有效性，建议分公司和总公司应当明确各自的职责和权限，确保代缴行为基于真实的劳动关系，并严格按照社保法的规定进行操作。
- 同时，相关部门也应加强对社保代缴市场的监管力度，打击非法代缴行为，以维护劳动者的合法权益和社保制度的正常运行。
综上所述，分公司为总公司员工代缴社保的合法性取决于具体的操作方式和目的。在处理这类问题时，我们应当遵循社保法的相关规定，确保代缴行为的合法性和有效性。