结论：公司发工资时将本应代扣代缴的个税“扣给公司”（即未实际缴纳给税务机关）是否合法，需分情况讨论：若员工工资未达纳税标准，公司不扣税不违法；若达到纳税标准而公司未履行代扣代缴义务，则违法。以下从法律义务、违法后果及实务建议三方面展开分析：
一、法律义务：公司是否必须代扣代缴个税？
根据《中华人民共和国个人所得税法》及《税收征收管理法》规定：
- 纳税标准：目前综合所得（如工资）每月基本减除费用为5000元，即年收入6万元以下无需缴税。若员工工资扣除社保、专项附加扣除（如子女教育、房贷利息等）后仍低于5000元，公司无需代扣个税。
- 代扣义务：若员工工资达到纳税标准，公司作为支付方，必须依法预扣预缴税款，并在次月15日前将税款缴至税务机关。这是公司的法定义务，不得以任何理由（如“扣给公司”）逃避。
举例：
- 员工A月工资4000元，扣除社保后实发3800元，未达纳税标准，公司不扣税合法。
- 员工B月工资10000元，扣除社保和专项附加扣除后应纳税所得额为6000元，公司需按税率表代扣个税（如3%税率，应扣180元），并缴纳给税务机关。若公司未扣缴，则违法。
二、违法后果：公司未代扣代缴会面临什么风险？
若公司明知员工工资达到纳税标准却未履行代扣代缴义务，可能承担以下责任：
- 行政处罚：税务机关将向员工追缴税款，并对公司处应扣未扣税款50%至3倍罚款。
- 例如：公司应扣未扣税款1万元，罚款范围为5000元至3万元。
- 刑事责任风险：若公司通过隐瞒、虚假申报等手段故意不扣税，可能被认定为“偷税”，需补缴税款、滞纳金，并处不缴税款50%至5倍罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 信用与经营影响：公司未履行代扣义务可能被纳入税务信用黑名单，影响贷款、投标等经营活动。
三、实务建议：员工与公司如何避免风险？
- 对员工：
- 每月查看工资条，确认公司是否按实际收入代扣个税。
- 若发现公司未扣税且工资达纳税标准，可向税务机关举报（拨打12366或通过电子税务局平台）。
- 对公司：
- 使用税务机关认可的个税计算工具（如“自然人电子税务局”），准确计算应扣税款。
- 保留工资发放记录、个税申报凭证等材料，以备税务检查。
- 若对纳税标准有疑问，可咨询当地税务局或直接向我提问。
总结：公司发工资时“扣税给公司”是否合法，核心在于员工工资是否达到纳税标准。未达标准不违法，但达标后未扣缴则可能面临罚款、刑事责任等严重后果。建议双方均依法履行义务，避免纠纷。如有具体案例或疑问，可进一步向我说明情况，我会结合细节分析。