公司发工资时未扣个税是否合法，需根据员工工资是否达到纳税标准来判断。以下从不同情况为您详细分析：

一、员工工资未达纳税标准的情况

1. 法律依据：根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，目前综合所得基本减除费用标准是每月5000元，即每年6万元。这意味着，如果员工每月工资收入在扣除专项扣除（如三险一金等）、专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金以及赡养老人等支出）等依法确定的其他扣除后，余额未达到5000元，那么该员工无需缴纳个人所得税。

2. 具体情况：在这种情况下，公司没有代扣代缴个税的义务，因此不扣税并不违法。例如，某员工月工资为4500元，扣除五险一金等专项扣除后，实际到手工资可能不足4000元，未达到个税起征点，公司无需扣税。

二、员工工资达到纳税标准的情况

1. 法律义务：如果员工工资在扣除各项依法确定的扣除后，余额达到或超过5000元，那么该员工就需要依法缴纳个人所得税。此时，公司作为支付工资的单位，有义务按照法律规定预扣预缴税款。这是公司应尽的法定义务，也是保障国家税收收入和维护社会公平正义的重要举措。

2. 违法后果：

   • 行政处罚：如果公司明知员工工资达到纳税标准却未履行代扣代缴个税的义务，税务机关将向纳税人追缴税款，并对公司处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
   • 刑事责任：若公司采取隐瞒、欺骗等手段不扣或少扣税款，可能被认定为偷税行为。税务机关将追缴其不缴或者少缴的税款及滞纳金，并处不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
   • 信用与经营影响：公司未履行代扣代缴义务不仅面临税务机关的处罚，还可能影响其信用记录和经营发展。例如，公司可能被列入税收违法“黑名单”，影响融资、招投标等经营活动。

3. 具体计算：应纳税所得额的计算公式为：工资、薪金所得 - 基本费用标准（5000元/月） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除。根据应纳税所得额的不同区间，对应不同的税率（从3%到45%不等）进行税额计算。例如，某员工月工资为10000元，扣除五险一金等专项扣除2000元，专项附加扣除（如子女教育、赡养老人等）共2000元后，应纳税所得额为6000元，适用10%的税率，应缴纳个税为600元（6000*10%-210，此处210为速算扣除数，根据税率表对应得出）。

总结与建议

公司在发放工资时，应首先判断员工工资是否达到纳税标准。对于达到纳税标准的员工，公司必须依法履行代扣代缴个人所得税的义务，确保税款的及时足额缴纳。同时，公司也应加强税务管理，定期开展税务培训，确保财务人员熟悉最新政策，建立内部监督机制，防范因疏忽导致的漏报、错报。

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