公司不缴纳员工的个人所得税，在大多数情况下是不合法的，除非员工的收入未达到纳税标准或存在特殊应税情况且员工已自行申报纳税。以下是对这一问题的详细分析：
一、公司作为扣缴义务人的基本职责
根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关法律法规，公司是员工个人所得税的扣缴义务人。在向员工支付工资、薪金等各项所得时，公司有义务按照规定预扣预缴或代扣代缴个人所得税，并按时向税务机关进行申报和缴纳。这是公司必须履行的法定职责，旨在确保国家税收的及时、足额入库。
二、不合法情况及其法律后果
未履行代扣代缴义务：
- 如果公司未按照规定履行代扣代缴义务，即构成违法行为。税务机关将依据《中华人民共和国税收征收管理法》对公司进行处罚，包括追缴税款、加收滞纳金，并对公司处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
- 举例：假设某公司每月向员工支付工资8000元，但未按规定代扣代缴个人所得税，则该公司的行为违反了相关法律规定，将面临税务机关的处罚。
对员工的影响：
- 公司未代扣代缴个人所得税，可能导致员工在年度汇算清缴时面临补缴税款及滞纳金的风险。
- 长期来看，这可能影响员工的信用记录和未来的税收优惠申请。
三、合法免缴情况
员工收入未达到纳税标准：
- 如果员工的收入未达到个人所得税的纳税标准（如目前我国个人所得税综合所得的基本减除费用标准是每月5000元），则公司无需为员工代扣代缴个人所得税。
- 举例：某公司员工每月工资收入为4500元，未达到纳税标准，因此该公司无需为该员工代扣代缴个人所得税。
员工已自行申报纳税：
- 对于一些特殊的应税所得情况（如员工取得的偶然所得），即使公司未代扣代缴，只要员工按照规定自行向税务机关办理纳税申报并缴纳了个人所得税，从最终纳税结果上看，不会导致国家税收流失。但公司仍存在未履行代扣代缴义务的程序性违规，可能会面临一定的税务风险和潜在的处罚。
四、建议与措施
公司应加强财务管理和税务合规意识：
- 确保税务处理的准确性和合法性，避免因未履行代扣代缴义务而面临的法律风险和处罚。
- 定期对财务人员进行税务培训，提高其对税法规定的理解和应用能力。
员工应关注自己的个人所得税缴纳情况：
- 定期查看自己的个人所得税申报和缴纳记录，确保公司已正确履行代扣代缴义务。
- 如发现公司未履行代扣代缴义务，应及时与公司沟通或向税务机关举报。
遇到复杂法律问题时的处理：
- 如果在公司税务处理过程中遇到任何复杂的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我将根据具体情况提供专业的法律建议和解决方案。
综上所述，公司作为扣缴义务人，应当严格遵守税法规定，履行代扣代缴个人所得税的义务。同时，员工也应当关注自己的个人所得税缴纳情况，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。