结论：公司不发工资但报个税的行为是否合法，需分情况讨论。若公司未实际发放工资却申报了个税，这是不合法的；若公司因欠薪未发工资，员工仍需根据工资所属期进行个税申报，但实际缴纳税款应基于实际发放的工资，这种情况下公司不报个税（针对未发放部分）是合理的，但需确保后续根据实际发放情况补报。以下是对此问题的详细分析：
一、公司未实际发放工资却申报个税的情况
法律义务与规定：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人所得税的计算以实际发放工资时取得的收入为基础。公司作为扣缴义务人，应按照实际发放的工资薪金进行税款的计算，并在规定的申报期内进行税款申报。
- 如果公司未实际发放工资却进行了个税申报，这可能导致员工年度综合所得计算不准确，进而影响其应纳税额和退税、补税情况。同时，企业也可能因虚假申报而面临税务机关的处罚，损害纳税信用等级。
违法后果：
- 税务机关将向纳税人追缴税款，并对公司处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
- 若公司采取隐瞒、欺骗等手段不扣或少扣税款，可能被认定为偷税行为，面临更严厉的处罚，包括追缴税款、滞纳金，以及不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
二、公司因欠薪未发工资的情况
个税申报义务：
- 尽管工资可能因公司欠薪而未实际发放到员工手中，但只要员工在纳税年度内提供了劳动服务并获得了相应的所属期的工资（即使未收到现金），就产生了个人所得税的申报义务。这是员工的法定责任，与公司支付工资的时机无关。
- 然而，税款的计算和缴纳应基于实际发放的工资额。如果工资未实际发放，则在对应的申报期内无需为该部分工资预扣预缴或代扣代缴个人所得税。
实际操作与合规建议：
- 公司应密切关注当地税务机关的具体要求和规定，确保根据实际发放的工资进行税款的计算和申报。
- 如果公司长期拖欠工资，员工可以依法向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。在此过程中，员工应保留好相关证据（如劳动合同、工资单、银行流水等），以便在需要时提供证明。
三、员工权益保护与合规操作
员工权益保护：
- 员工有权要求公司按时足额支付工资，并依法代扣代缴个人所得税。
- 如果公司未履行上述义务，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
公司合规操作：
- 公司应建立健全的薪酬和税务管理制度，确保按时足额支付工资并依法代扣代缴个人所得税。
- 公司应定期开展税务培训，确保财务人员熟悉最新政策，避免因疏忽导致的漏报、错报。
总结与建议：公司不发工资但报个税的行为是否合法，取决于具体情况。如果公司未实际发放工资却申报了个税，这是不合法的；如果公司因欠薪未发工资，员工仍需根据工资所属期进行个税申报，但实际缴纳税款应基于实际发放的工资。公司和员工都应密切关注税法规定和当地税务机关的要求，确保税务处理的合规性和准确性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。