公司以开发进度延期为由扣工资，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或公司规章制度中有明确约定：

   • 合法性分析：根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同。若劳动合同中明确约定了因开发进度延期等特定原因可以扣除工资，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，同时公司规章制度也经过了民主程序制定并公示，那么公司按照约定扣除工资的行为可能是合法的。但需要注意的是，扣除工资的比例和方式必须合理，不能违反《工资支付暂行规定》中关于工资扣除的限制性规定，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 建议：劳动者应仔细审查劳动合同和公司规章制度，了解其中关于工资扣除的约定和规定。若认为公司扣除工资的行为不合理或违法，可以与公司协商解决，或向劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径维护自己的合法权益。

2. 若劳动合同或公司规章制度中无明确约定：

   • 合法性分析：在没有明确约定的情况下，公司以开发进度延期为由扣除工资，缺乏法律依据。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得克扣或者无故拖欠。因此，公司未经劳动者同意，擅自扣除工资的行为是违法的。
   • 建议：劳动者可以与公司进行沟通，要求公司补发被扣除的工资。若公司拒绝补发，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 证据收集：无论哪种情况，劳动者都应保留好与工资扣除相关的证据，如工资条、劳动合同、公司规章制度、沟通记录等，以便在需要时证明自己的权益。
• 法律途径：若与公司协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

总结：公司以开发进度延期为由扣工资是否合法，取决于劳动合同或公司规章制度中是否有明确约定，以及扣除的比例和方式是否合理。若没有明确约定或扣除不合理，劳动者有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。