公司按进度款给员工发工资不合法。下面是对此问题的详细分析：

一. 合同期限与工资发放周期的区别

1. 合同期限：根据《劳动合同法》第十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以订立以完成一定工作任务为期限的劳动合同。本案中，公司与吴先生签订的以项目完成为期限的劳动合同，即属于此类合同。
2. 工资发放周期：然而，合同期限与工资发放周期是两个不同的概念。根据《工资支付暂行规定》第七条，工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。这表明，工资的发放周期有明确的法律规定，与合同期限无直接关联。

二. 公司按进度款发工资的合法性分析

1. 不符合法律规定：公司拟定的劳动合同中所谓根据项目进度发放工资的约定，含糊其辞，实际上是将工资发放与项目进度挂钩，这不符合《工资支付暂行规定》中关于工资发放周期的规定。
2. 构成拖欠劳动报酬：如果公司根据此约定数月不发工资，就构成了拖欠劳动报酬，这是违反劳动法的行为。

三. 劳动者的权益保护

1. 解除劳动合同：根据《劳动合同法》第三十八条，用人单位未及时足额支付劳动报酬，劳动者可以解除劳动合同。因此，如果公司拖欠工资，员工有权解除合同。
2. 主张经济补偿：同时，根据《劳动合同法》第四十六条，劳动者因用人单位未及时足额支付劳动报酬而解除劳动合同的，有权主张经济补偿。

综上所述，公司按进度款给员工发工资是不合法的。公司应遵守相关法律法规，确保工资按时足额发放给员工。如有进一步需要，您可以继续咨询我。