员工在劳动仲裁中向仲裁机构索要违约金是否合法，取决于具体情况。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情形
合同有明确约定且符合法律规定：
- 如果用人单位与员工在劳动合同中明确约定了违约金条款，并且该条款符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，那么员工在用人单位违约的情况下，有权通过劳动仲裁索要违约金。
- 具体来说，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，仅在两种情形下用人单位可以与员工约定违约金：一是培训服务期约定，二是竞业限制约定。如果违约金条款属于这两种情形之一，并且符合法律规定，那么员工索要违约金就是合法的。
用人单位存在违约行为：
- 除了合同有明确约定外，员工索要违约金的前提是用人单位存在违约行为。例如，用人单位未按照合同约定支付工资、提供劳动条件等。
二、不合法情形
合同无约定或约定违法：
- 如果劳动合同中没有约定违约金条款，或者约定的违约金条款违反了《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定（如非培训服务期或竞业限制情形下的违约金约定），那么员工索要违约金就是不合法的。
员工无证据支持：
- 即使合同中有合法的违约金条款，并且用人单位存在违约行为，但如果员工无法提供充分的证据来支持其索要违约金的请求，那么劳动仲裁机构也可能不会支持其请求。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在索要违约金前，员工应仔细审查劳动合同中的违约金条款，确保其合法性和有效性。
收集证据：
- 员工应收集并保存与用人单位违约行为相关的证据，如工资单、工作条件证明、沟通记录等，以便在劳动仲裁中提供有力的支持。
咨询专业律师：
- 由于劳动仲裁涉及复杂的法律问题和程序，员工在索要违约金前最好咨询专业律师的意见，以确保其请求的合法性和有效性。当然，你有问题也可以直接向我咨询。
四、可能的法律后果
- 如果员工索要违约金的请求得到劳动仲裁机构的支持，那么用人单位将需要按照裁决结果支付违约金。
- 如果员工的请求未得到支持，那么其可能无法获得违约金，并且可能需要承担一定的仲裁费用。
员工在劳动仲裁中向仲裁机构索要违约金是否合法，取决于劳动合同中的约定、用人单位的违约行为以及员工能否提供充分的证据。因此，在索要违约金前，员工应仔细审查合同条款、收集证据并咨询专业律师的意见。