协议的违约金问题可以申请劳动仲裁。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据
根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法，其中包括因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议。这意味着，如果劳动合同中约定了违约金条款，且该条款符合法律规定，当一方违约时，另一方可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求违约方承担违约金责任。
二、违约金条款的合法性
并非所有的劳动合同违约金约定都能得到支持。例如，违约金过高导致显失公平的，仲裁庭可根据实际情况进行调整。同时，有些法定情形下，如用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险等，劳动者解除劳动合同的，无需支付违约金。因此，在申请劳动仲裁时，需具体分析合同约定及相关法律规定，以确定能否主张违约金及违约金的数额等问题。
三、可约定违约金的法定情形
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，可约定违约金的情形主要限于服务期及竞业限制：
- 服务期：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 竞业限制：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
四、仲裁流程与注意事项
- 仲裁受理：仲裁部门应当自收到仲裁申请之日起五日内作出受理或者不予受理的决定。决定受理的，应当自作出决定之日起五日内将申诉书副本送达被申请人。
- 开庭审理：仲裁庭应当于开庭的五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉处理，对被申请人可以做缺席裁决。
- 仲裁调解：仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议。调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力；调解未达成协议的，仲裁庭应当及时裁决。
- 仲裁裁决：仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动仲裁部门受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经批准可以延期并书面通知当事人，延长期限不超过十五日。
注意事项：
- 在申请劳动仲裁时，要确保在规定时效内提出申请，并准备充分的证据，如劳动合同、违约金条款、违约证明等。
- 如果对仲裁结果不满意，可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院起诉。
五、建议与总结
- 审查合同：在签订劳动合同时，应仔细审查违约金条款，确保其合法性和合理性。
- 保留证据：在劳动关系存续期间，应保留好与劳动合同、违约金相关的证据，以备不时之需。
- 及时维权：如果遇到劳动合同违约金争议，应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，协议的违约金问题可以申请劳动仲裁，但需具体分析合同约定及相关法律规定。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。