在劳动合同中，两方协议能否约定违约金，需严格遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，仅在特定情形下可以约定。具体来说，主要有以下两种情形：
服务期约定中的违约金
- 适用条件：当用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训时，双方可以签订协议，明确约定服务期限。若劳动者在服务期内违反约定离职，则需按照协议支付违约金。
- 数额限制：违约金的数额有严格限制，不得超过用人单位实际提供的培训费用，并且应仅计算服务期尚未履行部分所应分摊的费用。例如，若公司花费5万元培训员工小王，并约定5年服务期，小王在工作2年后辞职，则他需支付的违约金不得超过3万元（即5万元÷5年×3年）。
竞业限制约定中的违约金
- 适用人员：竞业限制主要适用于用人单位的高级管理人员、高级技术人员及其他负有保密义务的人员。
- 条款内容：用人单位可与这类劳动者在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，要求在解除或终止劳动合同后的一定期限内（不超过二年），劳动者不得从事与原单位业务相竞争的工作，同时用人单位需按月给予经济补偿。
- 违约金支付：若劳动者违反竞业限制约定，应按约定向用人单位支付违约金。
除上述两种情形外，用人单位不得与劳动者约定其他任何形式的违约金。这是为了保护劳动者的合法权益，防止用人单位滥用违约金条款对劳动者进行不合理限制。若用人单位在劳动合同中随意设置违约金条款，该条款可能因违反法律的强制性规定而被认定为无效。
建议与注意事项：
- 劳动者角度：在签订劳动合同时，劳动者应仔细审查关于违约金的条款，确保自身权益不受侵害。若对违约金条款有疑问或认为不合理，应及时与用人单位沟通协商，或向我咨询以获取专业指导。
- 用人单位角度：用人单位在设定违约金时，应确保符合服务期或竞业限制的法定条件，并合理确定违约金的数额。过高的违约金可能不会被法律支持，而过低的违约金则可能起不到应有的约束作用。
总结来说，劳动合同中的违约金约定必须严格遵守法律法规的限制和规定。若您在劳动合同签订或履行过程中遇到任何问题，或对违约金条款有疑问，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。