在《劳动合同法》的框架下，关于两方协议中违约金的计算，主要涉及到两种法定情形：服务期约定和竞业限制约定。下面我将为您详细解析这两种情形下的违约金计算方式。

一、服务期约定违约金

1. 适用条件：

   • 当用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训时，双方可以订立协议，明确约定服务期限。
   • 若劳动者在服务期内违约离职，即未按照约定的服务期履行完毕，则需按约定支付违约金。

2. 违约金数额限制：

   • 违约金的金额不得超过用人单位实际提供的培训费用。
   • 劳动者需支付的违约金应基于服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用来计算。

3. 计算方式：

   • 违约金计算公式通常为：违约金 = 培训费用 ×（未履行服务期时长 ÷ 约定服务期时长）。
   • 例如，若用人单位投入了10万元用于劳动者的专项培训，并约定了5年的服务期。若劳动者在服务了2年后违约离职，那么其应支付的违约金计算如下：
     • 每年分摊的培训费用 = 10万元 ÷ 5年 = 2万元/年
     • 剩余未履行的服务期 = 5年 - 2年 = 3年
     • 因此，违约金 = 2万元/年 × 3年 = 6万元

二、竞业限制约定违约金

1. 适用条件：

   • 用人单位可与负有保密义务的劳动者在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款。
   • 竞业限制条款要求劳动者在解除或终止劳动合同后的一定期限内，不得从事与原单位业务相竞争的工作。
   • 同时，用人单位需按月给予劳动者经济补偿。
   • 若劳动者违反此竞业限制约定，则需按约定支付违约金。

2. 违约金数额：

   • 《劳动合同法》并未明确规定竞业限制违约金的计算方法，通常由双方自行协商确定。
   • 在司法实践中，若违约金数额被认为过高或过低，当事人可请求人民法院或仲裁机构根据多种因素（如商业秘密的价值、违约行为造成的损失、已支付的经济补偿等）进行适当调整。

3. 合理性原则：

   • 约定的违约金数额应体现公平原则，不能过高或过低，以维护双方的合法权益。

三、重要提示

• 除上述两种法定情形外，任何关于由劳动者承担违约金的约定均属无效。用人单位不得在其他情形下与劳动者约定由劳动者承担违约金。
• 在实际操作中，建议用人单位和劳动者在签订相关协议时务必遵循法律法规，确保协议的合法性和有效性。
• 如需更具体的法律帮助或咨询，建议寻求专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。