针对您提出的“劳动合同中有两个违约金怎么算”的问题，首先需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同中的违约金仅在两种特定情形下是合法的：一是服务期约定，二是竞业限制约定。接下来，我将分别就这两种情形下的违约金计算方式进行详细解释。
一、服务期约定违约金
适用情形：当用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训时，双方可以订立协议，明确约定服务期限。若劳动者在服务期内违约离职，则需按约定支付违约金。
违约金数额限制与计算方法：
- 违约金的总额不得超过用人单位实际提供的培训费用。
- 劳动者需支付的违约金应基于服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用来计算。具体计算公式为：违约金 = 培训费用 ×（未履行服务期时长 ÷ 约定服务期时长）。
- 示例：假设用人单位投入10万元用于劳动者的专项培训，并约定5年服务期。若劳动者在服务2年后违约，其应支付的违约金计算如下：每年分摊费用为10万元÷5年=2万元/年；剩余未履行服务期为3年；因此，违约金为2万元/年×3年=6万元。
二、竞业限制约定违约金
适用情形：用人单位可与负有保密义务的劳动者在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，要求在解除或终止劳动合同后的一定期限内，劳动者不得从事与原单位业务相竞争的工作，同时用人单位需按月给予经济补偿。若劳动者违反此约定，则需按约定支付违约金。
违约金数额：
- 《劳动合同法》并未明确规定竞业限制违约金的计算方法，通常由双方自行协商确定。
- 在司法实践中，若违约金数额被认为过高或过低，当事人可请求人民法院或仲裁机构根据多种因素（如商业秘密的价值、违约行为造成的损失、已支付的经济补偿等）进行适当调整。
- 合理性原则：约定的违约金数额应体现公平原则，不能过高或过低，以体现法律的公平和正义。
三、综合建议
- 明确约定：在签订劳动合同时，若涉及服务期或竞业限制条款，双方应明确约定相关细节，包括培训费用的具体数额、服务期的具体时间、竞业限制的范围和期限、经济补偿的数额以及违约金的计算方式和标准等。
- 合法合规：确保所有约定均符合法律法规的规定，避免无效约定或潜在的法律风险。
- 咨询专业律师：在实际操作中，如遇到复杂情况或不确定如何约定时，建议咨询专业律师或法律机构，以确保协议的合法性和有效性。
综上所述，劳动合同中的违约金计算需根据具体情形来确定，且必须严格遵守法律法规的规定。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何进一步的问题或疑虑，请随时咨询。