结论：公司能否按综合工时制结算加班费，需结合是否依法审批、工时周期及加班时长是否超标综合判断，具体分以下情况分析：

1. 若公司未依法申请综合工时制审批，则必须按标准工时制计算加班费
   根据《劳动法》第三十九条，企业实行综合计算工时工作制需经劳动行政部门批准。若公司未完成审批程序，即使实际执行综合工时模式（如集中工作、集中休息），仍需按标准工时制（每日不超过8小时，每周不超过40小时）计算加班费。此时，每月加班100小时明显超出法定标准（每月最多36小时），公司需支付：

   • 工作日加班：按150%工资支付；
     
   • 休息日加班且未补休：按200%工资支付；
     
   • 法定节假日加班：按300%工资支付。

2. 若公司已依法审批综合工时制，需分周期判断加班费计算方式
   综合工时制以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日/周工作时间应与法定标准基本一致。具体规则如下：

   • 周期内总工时未超标：若以月为周期，法定月工作时间为166.64小时（20.83天×8小时），每月加班100小时导致总工时达266.64小时，远超法定上限。此时，超出部分应视为延长工作时间，按150%工资支付加班费；
     
   • 周期内总工时超标：若以季或年为周期，需核算整个周期内总工时是否超标。例如，季度总工时未超500小时（20.83天×3月×8小时），但某月加班100小时导致该月超标，仍需对该月超标部分支付150%加班费；
     
   • 法定节假日加班：无论周期内总工时是否超标，法定节假日工作均需按300%工资支付加班费。

3. 每月加班100小时可能涉嫌违法，员工可主张权益
   根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要安排加班，每月不得超过36小时（特殊情况需经工会和劳动者协商）。每月加班100小时明显违反该规定，员工可向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁要求公司：

   • 支付超时加班的加班费差额；
     
   • 补缴因超时加班产生的社保费用（如涉及）；
     
   • 若因超时加班导致健康损害，可主张工伤赔偿或民事赔偿。

建议：若公司未按上述规则支付加班费，您可收集考勤记录、工资条、综合工时制审批文件等证据，通过劳动仲裁或诉讼维护权益。如有具体证据或细节需进一步分析，可直接向我咨询。