综合工时制下，超时加班费一般不能打包结算，而应按照法律规定的方式计算和支付。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制与加班费计算
综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许用人单位在保障劳动者身体健康并充分听取劳动者意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保劳动者的休息休假权利和生产、工作任务的完成。在综合工时制下，劳动者的工作时间通常会在一个周期内（如周、月、季、年）进行平均计算，以判断是否存在加班情况。
根据《劳动法》及相关规定，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。如果超过，应视为延长工作时间，并按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资；如果用人单位在休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资；如果用人单位在法定节假日安排劳动者工作的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。
二、加班费打包结算的合法性
加班费打包结算通常是不合法的。因为加班费是根据劳动者实际加班的时间来计算的，它反映了劳动者在正常工作时间之外所付出的额外劳动。如果用人单位将加班费打包结算，可能会掩盖劳动者实际的加班情况，导致劳动者无法获得应有的加班费报酬。此外，打包结算也可能违反了《劳动法》中关于加班费支付的规定，损害了劳动者的合法权益。
三、实际操作中的建议
四、特殊情况说明
虽然一般情况下加班费不能打包结算，但在某些特殊情况下，如用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班费的支付方式和标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定执行也是可以的。但这种情况较为少见，且需要满足严格的条件。
综上所述，综合工时制下超时加班费一般不能打包结算。劳动者应了解自己的加班情况，并保留好相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。