关于综合制工时加班费是否可以一季度结算一次的问题，这并非一个绝对固定的情况，而是需要根据多个因素来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规基础
- 《中华人民共和国劳动法》：该法规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。加班费作为劳动报酬的一部分，原则上也应按月支付。
- 《工资支付暂行规定》：此规定强调工资至少每月支付一次，但并未明确禁止在综合计算工时工作制下加班费按其他周期（如季度）支付。然而，它强调了工资支付的周期性和及时性。
二、支付周期的灵活性
- 支付周期非固定：法律并未明确规定加班费的结算周期必须为每月或每季度。因此，在遵循法律法规的前提下，用人单位和劳动者可以通过劳动合同或公司规章制度来约定加班费的支付周期。
- 综合计算工时工作制：对于经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的用人单位，它们可以在综合计算周期内（如季度、半年等）灵活安排工作时间。这意味着，如果总实际工作时间超过法定标准，超出部分应视为延长工作时间，并按规定支付加班费。在这种制度下，加班费的支付周期可能与普通工时制有所不同。
三、合法性与约定
- 劳动合同与公司规章制度的约定：如果用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定了加班费按季度发放，并且这一约定得到了双方的认可，且未违反法律的强制性规定，那么该约定是有效的。同样，公司规章制度中也可以对此进行规定。
- 不得损害劳动者权益：无论加班费是按月还是按季度发放，用人单位都必须确保这一做法不损害劳动者的合法权益。例如，应避免因发放周期过长而导致劳动者承受经济压力或无法及时获得应得的劳动报酬。
四、实际操作中的注意事项
- 准确核算：无论采用何种支付周期，用人单位都必须准确核算劳动者的加班时间和加班费用，确保足额支付。
- 及时沟通：用人单位应与劳动者保持沟通，确保其对加班费的支付周期和金额有清晰的了解。
- 法律维权：如果用人单位在加班费发放过程中存在违法行为，劳动者有权通过劳动监察投诉、劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，综合制工时加班费是否可以一季度结算一次，取决于用人单位的规章制度、与劳动者的约定以及相关法律法规的要求。在遵循法律法规的前提下，如果双方有明确的约定，并且这一约定不损害劳动者的合法权益，那么按季度结算加班费是可能的。然而，在实际操作中，用人单位应确保加班费的支付符合法律法规的要求，并充分保障劳动者的合法权益。