综合工时工作制下的加班费是可以以年为周期进行计算的，但具体计算方式和标准需严格遵循相关法律法规。以下是对这一问题的详细解答：

一、综合工时工作制的基本概念

综合计算工时工作制是一种特殊的工作时间制度，它适用于因工作性质特殊或受季节、自然条件限制而需连续作业的情况。这种制度以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，而非按照传统的每日8小时、每周40小时的标准工作时间来计算。

二、加班费的计算方法

在综合计算工时工作制下，加班费的计算主要基于法定标准工作时间与实际工作时间的差额，以及特定的支付比例。具体步骤如下：

1. 确定小时工资：

   • 小时工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（21.75天）÷ 8小时。这是计算加班费的基础。

2. 确定法定标准工作时间：

   • 以年为例，年法定标准工作时间 = 20.83天 × 12个月 × 8小时 ≈ 2000小时（精确值为1999.68小时）。

3. 统计实际工作时间：

   • 记录并统计在综合计算周期内（如一年）劳动者的实际工作小时总数。

4. 计算加班时间：

   • 实际工作时间超过法定标准工作时间的部分即为加班时间。

三、加班费的计算标准

1. 平时加班：

   • 支付比例：150%。
   • 计算公式：加班费 = 小时工资 × 150% × 超出法定工作时间的小时数。

2. 法定节假日加班：

   • 支付比例：300%。
   • 计算公式：加班费 = 小时工资 × 300% × 法定节假日加班的小时数。
   • 注意：法定节假日加班不受综合计算周期的限制，即无论是否在周期内，均需支付加班费。

四、举例说明

假设某员工月工资为6000元，年综合工时制的计算周期为一年，实际工作了2200小时。

• 小时工资：6000元 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 ≈ 34.48元/小时。
• 延长工作时间加班费：34.48元/小时 × 150% × (2200小时 - 2000小时) = 10344元。
• 若该员工在法定节假日也工作了，比如工作了8小时，则需额外按300%的比例计算法定节假日的加班费，即34.48元/小时 × 300% × 8小时 = 827.52元。

五、重要注意事项

1. 休息休假权利：实行综合计算工时工作制的，其工作时间不区分制度工作日与公休日，但用人单位应保障职工的休息休假权利。

2. 加班时长限制：虽然综合计算工时制允许在某一时段内超过标准工作时间，但月平均加班时间不得超过36小时，以保护劳动者的身心健康。

3. 地域差异：各地对于综合计算工时制的具体规定和执行细节可能存在差异，实际操作中应以当地劳动法律法规为准。

六、法律建议

• 了解当地规定：由于地域差异，各地对综合计算工时制的具体规定可能有所不同。因此，建议劳动者和用人单位在实施前详细了解并遵守当地的相关法律法规。

• 保留证据：劳动者应妥善保留与工作时间、工资支付等相关的证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。

• 及时咨询：如果对综合计算工时制下的加班费计算有疑问或遇到纠纷，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门。

综上所述，综合工时工作制下的加班费是可以以年为周期进行计算的，但需严格遵循相关法律法规和计算标准。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。