结论：单位未按实发工资5000元支付，而仍按合同约定的3500元支付，劳动者有权申请仲裁要求支付差额。

分析：

1. 合同与实际支付不符：

   • 劳动者与单位签订的劳动合同中，通常会明确约定工资数额。若合同中约定的工资与实际支付的工资不一致，且实际支付的工资低于合同约定（但在此案例中，是合同约定低于实发，而单位未按实发支付），则单位的行为可能构成违约。不过，更常见且关键的是，若实发工资高于合同约定而单位未足额支付，劳动者同样有权要求补足差额。本案例中，虽表述为“仍按合同约定3500元支付”，但理解为实际应发高于合同且单位未足额支付是合理的推断方向，因为若合同高于实发，劳动者通常不会主张补足至更低数额。基于劳动法的保护劳动者原则，我们分析单位未按实际应发（假设高于合同）足额支付的情况。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

2. 劳动者的权利：

   • 劳动者有权要求用人单位按照实际应发的工资数额支付劳动报酬。若用人单位未足额支付，劳动者可以通过法律途径维护自己的权益，包括申请劳动仲裁。
   • 在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明用人单位未足额支付工资的事实。

3. 仲裁流程与结果：

   • 劳动者向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
   • 仲裁委员会在受理申请后，会安排开庭审理，并听取双方当事人的陈述和辩论。
   • 根据审理结果，仲裁委员会会作出裁决，要求用人单位支付差额工资或其他相应的赔偿。

4. 可能的法律后果：

   • 若用人单位在仲裁裁决生效后仍未履行支付义务，劳动者可以向人民法院申请强制执行。
   • 同时，用人单位还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。

建议：

• 劳动者应尽快收集相关证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明用人单位未足额支付工资的事实。
• 劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，要求用人单位支付差额工资。
• 在仲裁过程中，劳动者应积极配合仲裁委员会的工作，提供必要的证据和材料。
• 若对仲裁结果不满意，劳动者还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。

示例：

假设劳动者小李与单位签订的劳动合同中约定的工资为3500元，但实际上小李每月应发工资为5000元（包括奖金、津贴等）。然而，单位每月只按3500元支付给小李。在这种情况下，小李有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位支付每月1500元的差额工资。若仲裁委员会支持小李的请求，单位则需按照裁决结果支付差额工资。

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