结论：仲裁按照合同约定工资而非实际发放工资计算，在某些情况下是合理合法的，但也存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
合理合法的情况
- 合同约定明确且无违法违规内容
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。合同中关于工资的约定，只要不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），就具有法律效力。
- 举例说明：假设劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定月工资为5000元，且该工资不低于当地最低工资标准。在后续的劳动仲裁中，如果双方没有其他特殊约定或争议点，仲裁机构通常会按照合同约定的5000元来计算相关费用，如经济补偿金、加班费基数等（加班费计算基数有特殊规定的除外）。这是因为合同是双方自愿签订的，体现了双方的真实意思表示，仲裁机构尊重合同的效力。
- 实际发放工资与合同约定一致或劳动者无法证明实际工资差异
- 法律背景：在劳动仲裁中，遵循“谁主张，谁举证”的原则。如果劳动者主张实际发放的工资与合同约定不符，需要提供相应的证据来证明。
- 举例说明：劳动者与用人单位合同约定月工资为6000元，用人单位每月也按照6000元通过银行转账的方式发放工资，且有工资条等证据证明。此时劳动者提出仲裁按照实际发放工资计算相关费用，但由于实际发放与合同约定一致，仲裁机构自然会按照合同约定计算。又或者，劳动者声称实际工资高于合同约定，但无法提供如工资条、奖金发放记录、与用人单位关于工资调整的书面协议等证据，仲裁机构也难以支持劳动者的主张，会按照合同约定工资进行计算。
不合理不合法的情况
- 合同约定工资低于最低工资标准
- 法律背景：《中华人民共和国劳动法》第四十八条规定，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
- 举例说明：某地区最低工资标准为每月2000元，而劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定月工资为1800元。在这种情况下，合同中关于工资的约定因违反法律法规的强制性规定而无效。如果发生劳动仲裁，仲裁机构不会按照合同约定的1800元计算，而是会以当地最低工资标准2000元作为计算相关费用的依据。
- 用人单位未按照合同约定足额发放工资
- 法律背景：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果用人单位未足额支付，劳动者有权要求用人单位补足差额。
- 举例说明：劳动者与用人单位合同约定月工资为7000元，但用人单位每月只发放5000元。劳动者提供银行流水、工资条等证据证明用人单位未足额发放工资后，在劳动仲裁中，仲裁机构会按照实际应发放的7000元来计算相关费用，如要求用人单位补足工资差额、以7000元为基数计算经济补偿金等。
建议：如果您遇到仲裁按照合同约定工资而非实际发放工资计算的情况，且您认为不合理，首先要收集好能够证明实际工资情况的证据，如工资条、银行转账记录、与用人单位沟通工资问题的聊天记录等。然后根据具体情况，向仲裁机构充分阐述您的理由和提供相应证据。如果您对仲裁结果不满意，还可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。有问题直接向我咨询，我会根据您提供的具体情况，为您提供更详细的法律分析和建议。