结论：单位未按实发工资5000元支付，而仍按合同约定的3500元支付，劳动者有权申请劳动仲裁要求单位支付差额部分。

分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定的标准支付劳动者工资，且不得低于当地最低工资标准。若实际发放的工资低于合同约定或低于劳动者实际应得的工资，劳动者有权要求用人单位补足差额。
   • 在此情况下，由于单位实际发放的工资（3500元）低于劳动者应得的实发工资（5000元），单位的行为构成了违法，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。

2. 仲裁申请流程：

   • 准备材料：劳动者需要准备与用人单位签订的劳动合同、工资条、银行转账记录等证据材料，以证明单位未按实发工资支付。
   • 提交仲裁申请：劳动者应向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
   • 仲裁审理：仲裁委员会将受理申请，并安排开庭审理。在审理过程中，劳动者和用人单位都有权陈述自己的观点和提供证据。
   • 仲裁裁决：仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定作出裁决。如果裁决支持劳动者的请求，用人单位将被要求支付差额部分。

3. 可能的结果与应对：

   • 单位履行裁决：如果仲裁裁决支持劳动者的请求，单位应当履行裁决，支付差额部分。
   • 单位不履行裁决：如果单位不履行仲裁裁决，劳动者可以向人民法院申请强制执行。
   • 调解与和解：在仲裁过程中或仲裁后，双方也可以选择通过调解或和解的方式解决争议。这通常可以更快地解决问题，并减少双方的诉讼成本。

4. 建议与注意事项：

   • 及时行动：劳动者在发现单位未按实发工资支付时，应及时采取行动，收集证据并准备仲裁申请。
   • 保留证据：劳动者应妥善保管与工资支付相关的所有证据材料，如工资条、银行转账记录等。
   • 寻求专业帮助：如果劳动者对仲裁流程或法律规定不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分维护。

后续行动建议：

• 劳动者应尽快收集相关证据材料，并向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请。
• 在仲裁过程中，劳动者应积极配合仲裁委员会的工作，提供必要的证据和陈述自己的观点。
• 如果对仲裁结果不满意或单位不履行仲裁裁决，劳动者可以考虑向人民法院提起诉讼或申请强制执行。

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