结论前置：单位不能以未参加工伤保险为由，在劳动仲裁协议书已明确伤残津贴数额的情况下，擅自扣除应由单位承担的社保费用（若该费用本应由单位缴纳且与伤残津贴性质无关）；但若扣除的是劳动者个人应承担的社保部分，且该扣除不违反法律规定及仲裁协议约定，则可能被允许。以下分情况详细说明：

1. 若扣除的是单位应承担的社保费用（与伤残津贴无关的部分）

• 法律依据：根据《社会保险法》第六十条，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴。
• 分析：若单位试图扣除本应由其承担的社保费用（如单位缴纳部分的养老保险、医疗保险等），且该费用与伤残津贴无直接关联，则单位的行为违法。因为伤残津贴是劳动者因工致残后应享受的待遇，与社保费用的缴纳主体和性质不同，单位无权将两者混为一谈。
• 建议：劳动者可向劳动监察部门投诉，要求单位补缴社保费用，并可依据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条，以单位未依法缴纳社会保险费为由解除劳动合同，并主张经济补偿。

2. 若扣除的是劳动者个人应承担的社保费用

• 法律依据：根据《社会保险法》第六十条，职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴。
• 分析：若单位扣除的是劳动者个人应承担的社保部分（如个人缴纳部分的养老保险、医疗保险等），且该扣除行为在劳动仲裁协议书中未明确禁止，且扣除后劳动者的实际收入不低于当地最低工资标准，则该扣除行为可能被视为合法。但需注意，若仲裁协议书已明确伤残津贴为“净额”（即已扣除个人社保部分后的金额），则单位再行扣除可能构成违约。
• 建议：劳动者应仔细审查劳动仲裁协议书的条款，确认伤残津贴是否为“净额”。若协议书未明确，且单位扣除个人社保部分后，劳动者实际收入低于最低工资标准，则劳动者可主张单位补足差额，并可向劳动监察部门投诉。

3. 特殊情形：单位未参加工伤保险，但仲裁协议书明确了伤残津贴

• 法律依据：根据《工伤保险条例》第六十二条，依照本条例规定应当参加工伤保险而未参加工伤保险的用人单位职工发生工伤的，由该用人单位按照本条例规定的工伤保险待遇项目和标准支付费用。
• 分析：若单位未参加工伤保险，但劳动仲裁协议书已明确伤残津贴数额，则单位应按照协议书约定支付伤残津贴。此时，单位无权以“未参保”为由，擅自调整或扣除伤残津贴。若单位试图将社保费用与伤残津贴混为一谈，则可能构成违约或违法。
• 建议：劳动者应坚决要求单位按照仲裁协议书约定支付伤残津贴，并可向劳动仲裁委员会申请强制执行。若单位存在其他违法行为（如未依法缴纳社保、未支付工伤待遇等），劳动者可同时向劳动监察部门投诉。

总结：单位能否扣除社保费用，需根据扣除的费用性质（单位应承担还是个人应承担）、劳动仲裁协议书的约定以及相关法律法规综合判断。若您对此仍有疑问，或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。