结论前置：
- 若甲公司与乙公司存在关联关系，如母子公司或总分公司关系，经济补偿金一般由签订劳动合同的甲公司支付，但实际用工的乙公司若存在过错，也可能承担连带责任。
- 若甲公司与乙公司无关联关系，属于劳务派遣或类似情形，经济补偿金通常由签订劳动合同的甲公司支付，但具体责任需根据双方协议及实际情况判断。
- 若因乙公司原因导致劳动合同解除或终止，且甲公司未尽到相应义务，乙公司可能需承担部分或全部经济补偿金责任。
详细分析：
在您描述的情况下，即劳动合同与甲公司签订，但实际一直在乙公司上班，涉及经济补偿金支付的问题，我们需要从多个角度进行分析。
一、甲公司与乙公司的关系
关联关系：
- 若甲公司与乙公司存在关联关系，如母子公司、总分公司关系，或者存在其他形式的控制与被控制关系，那么在经济补偿金的支付上，通常视为一个整体。此时，经济补偿金一般由签订劳动合同的甲公司支付。但若实际用工的乙公司存在过错，如未按时支付工资、未提供劳动条件等，导致劳动合同解除或终止，乙公司也可能需要承担连带责任。
无关联关系：
- 若甲公司与乙公司无关联关系，这种情况可能类似于劳务派遣。在此情形下，经济补偿金通常由签订劳动合同的甲公司（即劳务派遣单位）支付。然而，具体责任还需根据甲公司与乙公司之间的协议以及实际情况来判断。如果乙公司作为实际用工单位，未按照协议或法律规定履行相应义务，导致劳动者权益受损，乙公司也可能需要承担相应的法律责任。
二、劳动合同解除或终止的原因
- 经济补偿金的支付还与劳动合同解除或终止的原因密切相关。如果是因为乙公司的原因（如未提供劳动条件、未按时支付工资等）导致劳动合同解除或终止，且甲公司作为劳动合同签订方未尽到相应义务（如未及时协调解决、未履行监督职责等），那么乙公司可能需承担部分或全部经济补偿金的责任。
三、法律建议
- 保留证据：无论哪种情况，建议您都保留好与甲公司、乙公司相关的所有证据，包括劳动合同、工资单、工作证、考勤记录等，以便在需要时证明自己的权益。
- 协商解决：首先尝试与甲公司、乙公司进行协商，看是否能达成一致意见，快速解决经济补偿金的问题。
- 法律途径：如果协商无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼。
后续行动建议：
- 在处理此类问题时，建议您先明确甲公司与乙公司的具体关系，以及劳动合同解除或终止的具体原因。
- 然后，根据实际情况选择合适的解决方式，无论是协商还是法律途径，都需要做好充分的准备和证据收集工作。
如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。