结论前置：

1. 若请假符合公司规定且已履行手续，公司扣工资违法；
2. 若请假不符合规定或未履行手续，公司扣工资可能合法，但需符合规章制度。

详细分析：

首先，我们需要明确的是，员工享有休息休假的权利，这是劳动法赋予的基本权益。然而，在实际操作中，员工请假需要遵循公司的规章制度，并履行相应的请假手续。

一、请假符合公司规定且已履行手续的情况

如果员工按照公司的规章制度，提前向公司提出了请假申请，并已经得到了公司的批准，同时履行了相应的请假手续（如填写请假单、提交相关证明等），那么在这种情况下，员工请假是合法的。公司如果因为员工请假而扣除其工资，这是违法的行为。因为员工已经按照规定履行了请假手续，且请假是合法的，公司无权因此扣除工资。

二、请假不符合公司规定或未履行手续的情况

1. 未提前申请或未得到批准： 如果员工没有提前向公司提出请假申请，或者虽然提出了申请但未得到公司的批准，就擅自离岗，那么这种情况下，员工的请假行为可能是不合法的。公司有权根据规章制度对员工进行相应的处理，包括扣除工资。但需要注意的是，公司扣除工资的金额和方式需要符合法律法规的规定，不能随意扣除。

2. 未履行请假手续： 即使员工提出了请假申请并得到了公司的批准，但如果未履行相应的请假手续（如未填写请假单、未提交相关证明等），那么公司也可能认为员工的请假行为存在瑕疵。在这种情况下，公司是否扣除工资以及扣除的金额，需要根据公司的规章制度和实际情况来判断。如果公司的规章制度中明确规定了未履行请假手续的后果，且该规定不违反法律法规，那么公司有权按照规章制度执行。

三、公司规章制度的合法性

无论哪种情况，我们都需要关注公司规章制度的合法性。公司的规章制度必须符合国家法律法规的规定，不能违反法律法规的强制性规定。如果公司的规章制度中存在违法条款，那么这些条款是无效的，公司不能依据这些条款对员工进行处理。

四、建议与措施

1. 与公司沟通： 如果员工认为公司扣除工资的行为不合法，可以先与公司进行沟通，了解公司扣除工资的具体原因和依据。如果沟通无果，可以考虑采取其他措施。

2. 向劳动监察部门投诉： 如果员工认为公司扣除工资的行为违反了法律法规，可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会依法进行调查，并作出相应的处理。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼： 如果员工与公司之间的纠纷无法通过沟通或投诉解决，可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。在申请劳动仲裁或提起诉讼时，员工需要提供充分的证据来证明自己的主张。

最后，我想强调的是，作为员工，我们应该了解自己的权益和义务，遵守公司的规章制度。同时，作为公司，也应该尊重员工的权益，合法合规地处理员工请假和工资扣除等问题。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。