结论前置：用人单位在国庆节法定节假日期间安排劳动者放假，不应扣除工资；若安排加班，则需依法支付加班费。以下从不同情况详细分析：
正常放假情况
- 法律依据：
- 根据《全国年节及纪念日放假办法（2024）》第二条规定，国庆节为全体公民放假的节日，通常放假3天（10月1日至3日）。
- 《劳动法》第五十一条明确指出，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。
- 工资计算与发放标准：
- 在国庆节法定的3天假期中，即使劳动者未实际提供劳动，用人单位也应按照正常出勤的标准支付工资。例如，某员工月工资6000元，每月计薪天数21.75天，其日工资约为275.86元（6000÷21.75），则国庆节3天假期的工资应为827.58元（275.86×3）。
加班情况
- 法律依据：
- 若用人单位在国庆节期间安排劳动者加班，根据《劳动法》第四十四条，需按不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。
- 加班工资计算：
- 以前述员工为例，若在10月1日加班，则该天的加班工资为827.58元（275.86×300%）。若在国庆节其他非法定节假日（如调休的休息日）加班，且不能安排补休的，则需按不低于劳动者本人日或小时工资的200%支付加班工资。
特殊约定的处理
- 若用人单位与劳动者在劳动合同或集体合同中有关于工资支付的特殊约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，双方可按照约定执行。但此类特殊约定必须明确、具体，并经过双方协商一致。例如，双方约定在国庆节期间，若劳动者自愿放弃休假并正常工作，用人单位将给予额外的奖金或补贴，这种约定是合法的。
劳动者权益保护
- 非法扣工资的处理：
- 如用人单位在国庆节放假期间非法扣除员工工资，即违反了《劳动法》的相关规定。员工有权与用人单位沟通协商，要求补发工资。
- 维权途径：
- 若协商无果，员工可向当地劳动保障部门投诉举报，或通过法律途径（如劳动仲裁、诉讼等）来维护自己的合法权益。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需提供相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以证明用人单位存在非法扣工资的行为。
总结：用人单位在国庆节法定节假日期间应依法支付劳动者工资，不得无故扣除。同时，对于加班情况也需按照法律规定支付加班费。如有特殊约定，需确保合法、明确且经双方协商一致。劳动者如遇工资被非法扣除的情况，应积极采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。