公司国庆加班扣了工资，这种行为通常是违规的，但具体是否违规还需结合加班的合法性及工资扣除的具体情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、国庆加班的合法性
与员工协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动法》，用人单位因生产经营需要，可与工会和劳动者协商后延长工作时间。国庆期间，若用人单位与工会、劳动者达成一致，员工同意加班，则此安排合法。但公司不得强迫或变相强迫员工加班，如以不加班就辞退、扣工资等方式威胁，这属于违法行为。
支付法定加班工资：
- 国庆节通常有3天为法定休假日（具体以当年国务院发布的节假日安排为准），另几天为休息日调休。在法定休假日工作的，用人单位应按不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费，且不能以补休替代。在休息日工作且不能安排补休的，用人单位应按不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。若公司未支付或不足额支付加班工资，则属于违法行为。
特殊行业或紧急情况：
- 特殊行业如供水、供电、医疗、交通等，为保障公共利益和社会正常运转，在国庆期间安排加班是必要的，且不违法。但同样需要支付法定加班工资。
- 出现自然灾害、事故等威胁劳动者生命健康和财产安全的情况，或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障影响生产和公众利益时，用人单位可不受一般协商程序限制而安排加班，但也需保障员工权益，如支付加班工资或安排补休。
二、工资扣除的合法性
合法扣除工资的情形：
- 一般来说，公司不得随意扣除员工工资。但在某些特定情况下，如员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从其工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。然而，这种扣除与国庆加班无关。
国庆加班扣工资的违法性：
- 若公司因员工国庆加班而扣除其工资，且未支付法定加班工资或支付的加班工资低于法定标准，则这种行为属于违法行为。员工有权要求公司补足差额，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护权益。
三、劳动者应对措施
若遇到公司违法加班或扣工资情况，劳动者可采取以下措施：
- 与公司协商：首先尝试与公司协商解决，要求公司支付法定加班工资或补足工资差额。
- 向劳动监察部门投诉：协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉举报公司的违法行为。
- 申请劳动仲裁：也可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司承担法律责任。
- 提起诉讼：对仲裁结果不服的，还可向人民法院提起诉讼，维护自身合法权益。
总结来说，公司国庆加班扣了工资，若未与员工协商一致、未支付法定加班工资或支付的加班工资低于法定标准，则这种行为属于违法行为。劳动者应了解自身权益，并在遇到违法行为时采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。