学校离职时，用人单位扣发三个月工资的做法是不合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣劳动者的工资。除非劳动者给用人单位造成了经济损失，并且用人单位已经依法制定了相关规章制度并告知劳动者，在这种情况下，用人单位可以按照规章制度的规定从劳动者的工资中扣除赔偿部分。但即便如此，每月扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分若低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。因此，合同中约定离职扣三个月工资的做法显然违反了法律规定。

二、实际操作角度

1. 合同条款的无效性：如果劳动合同中明确规定了离职需扣三个月工资，这一条款由于违反了法律的强制性规定，将被视为无效。劳动者有权拒绝执行这一不合理的条款。

2. 维权途径：若用人单位坚持扣发工资，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：

   • 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，明确表达自己的诉求，要求其按照法律规定支付工资。
   • 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
   • 申请劳动仲裁：劳动者还可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径解决争议。

三、建议与注意事项

1. 保留证据：在离职过程中，劳动者应妥善保留与用人单位的劳动合同、工资支付记录、工作证等相关证据，以便在需要时证明自己的权益。

2. 及时维权：一旦发现用人单位存在扣发工资等违法行为，劳动者应及时采取行动，避免超过法定时效而丧失维权机会。

3. 咨询专业律师：虽然在此问题中我作为律师已经给出了明确的法律意见，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，如果劳动者在维权过程中遇到复杂问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律建议。

综上所述，学校离职时扣发三个月工资的做法是不合法的。劳动者应了解自己的合法权益，并在必要时采取行动维护自己的权益。