离职后三个月老板说要扣工资，这一行为通常是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律规定层面
工资支付周期：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确了工资的支付周期和方式，即用人单位应当按月支付工资，且不得无故拖欠。
离职工资支付时间：依据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，在正常情况下，用人单位应当在员工离职时一次性结清所有工资，而不是延迟至三个月后。
劳动合同约定：虽然用人单位与劳动者之间可以在劳动合同中约定工资支付的具体时间和方式，但这种约定必须不违反法律法规的强制性规定。如果劳动合同中约定了离职后工资支付的时间，但该时间明显过长，损害了劳动者的合法权益，那么这种约定也是无效的。
二、扣工资的合法性分析
无故扣工资：如果老板没有合理的理由，如劳动者存在过错或违反公司规定等，而擅自扣工资，那么这种行为是违法的。劳动者有权要求用人单位按时足额支付工资。
有约定扣工资：如果劳动合同中明确约定了离职后可能扣工资的情形，如劳动者未完成工作交接、造成公司损失等，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在符合约定条件的情况下可以扣工资。但即便如此，用人单位也应提供充分的证据证明扣工资的合理性。
三、劳动者维权途径
面对老板扣工资的行为，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与老板或用人单位的人力资源部门进行沟通，了解扣工资的具体原因，并要求其提供充分的证据。如果沟通无果，可以进一步采取其他措施。
向劳动监察部门投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门提出投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付工资，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿。
申请劳动仲裁：如果投诉无果，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，通过法律程序解决工资纠纷。仲裁裁决具有法律效力，必须履行。
提起诉讼：如果劳动者对仲裁裁决不服，可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径进一步维护自己的权益。
四、特殊情况处理
如果用人单位确实面临资金周转等特殊困难，无法按时支付工资，应与劳动者进行协商，并按照协商一致的结果发放工资。但这种延迟必须基于双方的协商一致，并且不能违反法律法规的强制性规定。如果用人单位未经劳动者同意擅自延迟发放工资或扣工资，则构成违法行为。
总结与建议：离职后三个月老板说要扣工资，这一行为通常是不合法的。劳动者有权要求用人单位按时足额支付工资，并在必要时采取合法手段维护自己的合法权益。如果遇到这种情况，建议先与用人单位协商，了解扣工资的具体原因和依据；如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有需要，也可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。