结论前置：

1. 若公司规章制度明确规定请假三天扣除当月奖金，且未对公休日进行特殊说明，则公休两天后再请一天假，通常会被视为请假三天，从而扣除当月奖金。
2. 但具体是否扣除，还需结合公司规章制度的具体内容、执行情况以及劳动合同的约定进行综合判断。

详细分析：

首先，我们需要明确的是，公司规章制度是公司内部管理的重要依据，它规定了员工的行为规范以及相应的奖惩措施。在本案例中，公司规章制度明确规定“请假三天扣除当月奖金”，这是公司对员工请假行为的一种约束和惩罚。

接下来，我们分析用户的具体情况：公休两天后再请一天假。这里的关键在于如何理解“请假三天”这一规定。从字面上看，“请假三天”指的是连续或累计请假达到三天。如果公司规章制度没有明确说明公休日是否计入请假天数，那么通常的理解是，无论请假期间是否包含公休日，只要累计请假天数达到三天，就符合扣除奖金的条件。

然而，我们也需要考虑到公司规章制度的具体执行情况。有些公司可能会在规章制度中明确说明公休日不计入请假天数，或者对请假天数有更为详细的计算方式。此外，劳动合同中也可能对请假和奖金扣除有相关约定。因此，在判断是否扣除奖金时，我们需要综合考虑公司规章制度的具体内容、执行情况以及劳动合同的约定。

法律建议：

1. 查阅公司规章制度：首先，建议您仔细查阅公司的规章制度，特别是关于请假和奖金扣除的相关规定。了解公司对“请假三天”的具体解释和计算方式。

2. 查看劳动合同：其次，查看您的劳动合同中是否有关于请假和奖金扣除的约定。如果劳动合同中有明确规定，且该规定与公司规章制度不冲突，那么应按照劳动合同的约定执行。

3. 与公司沟通：如果您对公司规章制度或劳动合同中的规定存在疑问，或者认为公司的处理方式不合理，建议您与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通。通过沟通，您可以更好地了解公司的规定和执行情况，也可以表达自己的意见和诉求。

4. 寻求法律援助：如果您认为公司的处理方式违反了法律法规或劳动合同的约定，且无法通过沟通解决问题，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况和法律法规的规定，为您提供专业的法律意见和帮助。

可能法律后果：

如果公司规章制度明确规定请假三天扣除当月奖金，且未对公休日进行特殊说明，而您又确实请假了三天（包括公休日后的请假），那么公司扣除您当月奖金的行为可能是合法的。但是，如果公司规章制度或劳动合同中有相反的规定，或者公司的处理方式存在不合理之处，您有权通过法律途径维护自己的合法权益。