针对您提出的问题，如果公司规定一个月请假不允许超过3天，而员工请假了5天，全勤奖被扣了之后是否还要扣工资，这主要取决于公司的具体规章制度以及劳动合同中的相关约定。以下是从不同角度的分析：
公司规章制度：
- 如果公司的规章制度中明确规定，请假超过一定天数（如3天）将扣除全勤奖，并且进一步规定超过该天数的请假还将按比例或全额扣除工资，那么在这种情况下，员工请假5天，除了全勤奖被扣外，工资也可能被扣除。
- 如果公司的规章制度中仅规定了全勤奖的扣除条件，而未明确规定超过该天数的请假还将扣除工资，那么公司可能只能扣除全勤奖，而不能随意扣除工资。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与用人单位之间的重要法律文件，其中可能包含关于请假、工资支付等方面的具体约定。如果劳动合同中明确规定了请假超过一定天数将扣除工资，那么员工请假5天时，工资被扣除就是符合合同约定的。
- 如果劳动合同中未明确规定此类扣除条款，或者规定与公司的规章制度存在冲突，那么就需要根据法律法规以及双方的实际意愿进行协商或解决。
法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，用人单位不能随意扣除员工的工资，除非有明确的法律依据或合同约定。
- 如果公司扣除工资的行为没有法律依据或合同约定作为支撑，那么员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，员工请假5天是否还要扣工资，主要取决于公司的规章制度、劳动合同中的相关约定以及法律法规的规定。 如果公司规章制度或劳动合同中有明确规定，并且符合法律法规的要求，那么公司扣除工资的行为就是合法的；反之，如果公司没有明确的依据或违反了法律法规的规定，那么员工就有权维护自己的合法权益。
建议您：首先查阅公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于请假和工资支付的具体规定；其次，如果认为公司的扣除行为不合理或违法，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；最后，如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。