结论前置：公司是否能在员工未全勤且请假的情况下扣除全勤奖，主要取决于公司的规章制度以及该制度是否合法合理。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 全勤奖的设定：全勤奖通常是公司为了鼓励员工全勤工作而设立的一种奖励。如果公司的规章制度中明确规定了全勤奖的发放条件和扣除情形，比如“员工当月请假超过一定天数或次数，将扣除全勤奖”，那么公司按照规章制度执行是合理的。
   • 规章制度的合法性：然而，公司的规章制度并非随意制定，它必须符合法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。如果公司的规章制度中关于全勤奖的扣除条款过于苛刻或不合理，甚至违反了法律法规的强制性规定，那么该条款可能被视为无效。

2. 法律法规的角度：

   • 劳动法的保护：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，员工享有休息休假的权利，且公司不得随意扣除员工的工资或奖金。全勤奖作为工资或奖金的一种形式，其扣除也必须符合法律法规的规定。
   • 合法扣除的情形：如果员工因个人原因请假，且请假天数或次数超过了公司规章制度中规定的全勤奖发放条件，那么公司扣除全勤奖可能被视为合法。但如果员工请假是因为公司原因（如公司安排的任务过重导致员工需要休息）或法律法规规定的特殊情况（如病假、产假等），那么公司扣除全勤奖则可能不合法。

3. 实际操作中的建议：

   • 查阅公司规章制度：员工在面临全勤奖被扣除的情况时，首先应查阅公司的规章制度，了解全勤奖的发放条件和扣除情形。
   • 与公司沟通协商：如果员工认为公司的扣除行为不合理或违反了法律法规，可以与公司进行沟通协商，寻求解决方案。
   • 寻求法律援助：如果沟通协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

举例说明：假设某公司的规章制度中规定“员工当月请假超过2天，将扣除全勤奖”。如果员工因个人原因请假了3天，那么公司扣除其全勤奖是合理的。但如果员工因病请假了3天，且提供了医院出具的病假证明，那么公司扣除其全勤奖则可能不合法，因为病假是员工依法享有的权利。

总结与建议：公司是否能在员工未全勤且请假的情况下扣除全勤奖，取决于公司的规章制度以及该制度是否合法合理。员工在面临此类情况时，应首先查阅公司规章制度，了解相关规定；如果认为公司的扣除行为不合理或违反了法律法规，可以与公司沟通协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。