用人单位在您请假时扣除三天工资并取消全勤奖的做法是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若请假属于法定带薪休假情形（如病假、婚假、产假等）
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》《人口与计划生育条例》等法规，员工在法定医疗期内的病假、符合条件的婚假/产假等期间，用人单位应按合同约定支付工资，且不得以“缺勤”为由扣减全勤奖。若单位同时扣工资和全勤，属于违法行为，您可要求补发工资并恢复全勤待遇，或向劳动监察部门投诉。

2. 若请假属于事假
   事假通常为无薪假，单位有权扣除请假当日的工资（日工资=月工资÷21.75天）。但全勤奖的发放条件需以劳动合同或规章制度为准：

   • 若规章制度明确规定“任何缺勤均取消全勤”（包括事假），且该制度经民主程序制定并公示，单位做法可能合法；
     
   • 若制度未明确事假扣全勤，或扣全勤的条款显失公平（如请假1天扣全额全勤），则可能因“未合理设置奖惩条件”被认定违法，您可主张恢复全勤或要求赔偿。

3. 若单位未提前告知扣款规则
   根据《劳动合同法》第4条，用人单位的规章制度需经职工代表大会讨论、公示或告知劳动者。若单位未履行告知程序，即使制度本身合法，您也有权主张扣款无效，要求返还被扣工资和全勤。

建议行动步骤：

1. 核查劳动合同、员工手册中关于“请假扣款”“全勤奖发放”的条款；
   
2. 保留请假审批记录、工资条等证据；
   
3. 先与单位协商，明确扣款依据；若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步细节（如请假类型、单位制度内容），可随时补充说明，我会为您具体分析。