劳动合同中约定“请一天假扣三天工资”的条款属于违法条款，该约定无效，用人单位不得以此为由克扣员工工资。以下从多个角度为你详细分析：

从法律规定角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

同时，劳动部《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》第三条明确指出，《规定》第十五条中所称“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资（即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬）。不包括以下减发工资的情况：

• 国家的法律、法规中有明确规定的；
• 依法签订的劳动合同中有明确规定的；
• 用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的；
• 企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的（但支付给劳动者工资不得低于当地的最低工资标准）；
• 因劳动者请事假等相应减发工资等。

而“请一天假扣三天工资”的约定，并非上述合法减发工资的情形，用人单位以此为由克扣工资属于克扣劳动者应得工资的行为，违反了法律规定。

从合同效力角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条规定，下列劳动合同无效或者部分无效：

• 以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
• 用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
• 违反法律、行政法规强制性规定的。

“请一天假扣三天工资”的条款，免除了用人单位按照法律规定支付劳动者工资的义务，排除了劳动者获得合法劳动报酬的权利，同时违反了上述工资支付的相关法律规定，属于无效条款。

应对措施

• 与用人单位协商：你可以先与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确指出该条款违反了法律规定，属于无效条款，要求用人单位按照实际请假天数扣除工资，并补发之前被不合理克扣的工资。
• 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，责令用人单位改正违法行为，并要求其支付被克扣的工资。
• 申请劳动仲裁：你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，你需要提供劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据，证明用人单位存在违法克扣工资的行为。劳动争议仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决，维护你的合法权益。