结论前置：上班请假一天扣三天工资，这种做法一般是不合法的。下面我从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

分析：从这一规定可以看出，用人单位扣除劳动者工资需要有合理的理由，比如劳动者给用人单位造成了经济损失，并且扣除的金额也有限制。而仅仅因为劳动者请假一天就扣除三天工资，显然没有合理的依据，也不符合上述规定的扣除比例限制，因此这种做法是不合法的。

合同与规章制度角度

1. 劳动合同：如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了请假扣工资的条款，但该条款违反了法律法规的强制性规定（如上述的扣除比例限制），那么该条款是无效的。无效的条款自始没有法律约束力，用人单位不能依据该条款扣除劳动者工资。
2. 规章制度：用人单位的规章制度也需要经过民主程序制定，并且内容不违反法律法规的强制性规定。如果规章制度中规定了请假一天扣三天工资，且该规定没有经过民主程序制定或者违反了法律法规，那么该规定也是无效的。

举例：假设某用人单位的规章制度规定，员工请假一天扣除三天工资，但该规章制度并未经过职工代表大会或者全体职工讨论，也没有与工会或者职工代表平等协商确定，那么该规章制度就不符合民主程序的要求，其中的请假扣工资规定也就无效。

实际操作建议

1. 与用人单位协商：如果你遇到了请假一天扣三天工资的情况，首先可以尝试与用人单位进行协商，说明这种做法的不合理性，并要求用人单位按照法律法规和劳动合同的规定支付工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位支付被扣除的工资。
3. 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的需求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结：上班请假一天扣三天工资的做法一般是不合法的，用人单位扣除劳动者工资需要有合理的理由，并且扣除的金额也有限制。如果你遇到了这种情况，可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。