结论：劳动合同中约定“节假日期间请假扣三天工资”的条款，一般不受法律保护，该条款可能因违反法律规定而无效。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》等相关法律法规，劳动者享有休息休假的权利，在法定节假日期间，用人单位应当依法支付工资。如果劳动者在节假日请假，用人单位扣除工资应当有合理的依据和合法的程序，且扣除的工资数额应当与劳动者请假的时间相对应，不能随意扩大扣除范围或提高扣除标准。

“节假日期间请假扣三天工资”的约定，相当于劳动者在节假日请假一天，却要被扣除三天的工资，这种扣除方式明显超出了劳动者请假所应承担的责任范围，违反了法律关于工资支付的规定，因此该条款是无效的。

从合同效力角度分析

劳动合同虽然是用人单位与劳动者协商一致后签订的，但合同内容必须符合法律法规的规定。如果合同中的条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款是无效的，对劳动者不具有法律约束力。

在上述情况下，“节假日期间请假扣三天工资”的条款就属于违反法律法规强制性规定的条款，因此该条款无效，用人单位不能依据该条款扣除劳动者三天的工资。

实际操作中的建议

1. 与用人单位协商：如果你遇到了这种情况，首先可以尝试与用人单位进行协商，说明该条款的违法性，要求用人单位按照法律规定支付工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
3. 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的要求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

示例：假设你在国庆节期间请假一天，按照劳动合同的约定，用人单位要扣除你三天的工资。但实际上，根据法律规定，用人单位只能扣除你请假这一天的工资（如果请假当天原本应支付工资的话，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准），而不能额外扣除其他两天的工资。

后续行动建议：如果你遇到了类似的情况，不要慌张，先保留好相关的证据，如劳动合同、请假条、工资条等，然后按照上述建议的步骤进行操作。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。