结论前置：用人单位在过年假日值班时，因员工请假就扣除三天工资的做法通常是不合法的，员工有权要求用人单位纠正并补发工资。以下从多个角度进行分析：

1. 法定节假日的工资支付规定
   根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，法定节假日（如春节）安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。若员工在法定节假日值班，本身已属于加班，用人单位需依法支付加班费。若员工因合理事由请假，用人单位不得以“扣三天工资”的方式变相剥夺其法定权益，否则涉嫌违反劳动法关于加班工资支付的规定。

2. 请假与工资扣除的合法性边界
   若员工请假属于事假，用人单位可根据内部规章制度扣除当日工资，但需满足两个条件：

   • 规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
     
   • 扣除金额不超过员工当日工资，且不得影响其他法定权益（如最低工资标准）。
     若用人单位以“扣三天工资”惩罚请假行为，超出当日工资的部分缺乏法律依据，属于克扣工资，员工可依据《工资支付暂行规定》第十五条要求补发。

3. 值班与加班的区分
   若“值班”实际为加班（如从事本职工作或紧急任务），用人单位必须支付加班费；若仅为临时性、非生产性的值守（如接听电话），可能被认定为值班，但即便如此，扣除三天工资仍不合理。值班期间员工未实际提供劳动的，用人单位可协商安排调休或支付适当补贴，但不得以扣工资替代。

4. 维权建议

   • 与用人单位协商：明确指出扣除三天工资的违法性，要求补发工资并支付法定节假日加班费（如适用）；
     
   • 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动保障监察大队举报，要求查处违法行为；
     
   • 申请劳动仲裁：若涉及金额较大或权益受损严重，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张工资差额、加班费及经济补偿。

总结：用人单位以请假为由扣除三天工资的行为，既可能违反法定节假日工资支付规定，也可能超出事假扣薪的合法范围。建议您保留考勤记录、工资条等证据，通过协商、投诉或仲裁途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。