结论：超假一天是否扣全勤奖以及是否扣三天工资，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
从公司规章制度角度
全勤奖的扣除：
- 全勤奖是公司为了鼓励员工按时出勤而设立的一种奖励制度。如果公司的规章制度中明确规定了超假（包括请假、旷工等）会扣除全勤奖，那么员工超假一天，公司有权按照制度扣除其全勤奖。
- 如果公司规章制度中没有明确规定，或者规定不明确，那么公司不能随意扣除员工的全勤奖。
工资的扣除：
- 对于工资的扣除，公司同样需要依据规章制度来执行。如果规章制度中规定了超假会扣除相应天数的工资（如扣三天工资），并且这一规定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准等），那么公司可以按照制度执行。
- 但需要注意的是，根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，即使公司规章制度有规定，也不能无限制地扣除员工工资。
从劳动合同角度
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要法律文件。如果劳动合同中明确规定了超假的处理方式（包括全勤奖的扣除和工资的扣除），那么双方应当按照劳动合同的约定来执行。
- 如果劳动合同中没有明确规定，或者规定与规章制度相冲突，那么应当依据更有利于劳动者的原则来执行（在规章制度不违反法律法规的前提下）。
法律建议
查看规章制度和劳动合同：
- 建议你首先查看公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于超假、全勤奖和工资扣除的具体规定。
与公司沟通：
- 如果你对公司的处理方式有异议，可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司的具体做法和依据。
寻求法律援助：
- 如果你认为公司的处理方式违反了法律法规或劳动合同的约定，你可以向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。
最后需要强调的是，每个公司的情况都可能不同，因此具体的处理方式也会有所差异。如果你对公司的处理方式有疑问或不满，建议及时与公司沟通并寻求法律援助。