超休半天是否要扣全勤奖，主要取决于公司的规章制度。以下是对此问题的详细分析：
公司规章制度有明确规定的情况：
- 如果公司规章制度中明确规定了超休半天（即请假半天超出一定范围或未按规定程序请假）会扣除全勤奖，并且该制度已经通过民主程序制定，且向劳动者进行了公示告知，那么公司按照规定扣除全勤奖是合理的。这种情况下，员工在超休半天后，应接受公司按照规章制度进行的处理。
公司规章制度无明确规定或规定不明确的情况：
- 若公司规章制度中没有明确规定超休半天会扣除全勤奖，或者规定存在模糊之处，从公平合理和保护劳动者权益的角度出发，公司不应仅凭超休半天就扣除员工的全勤奖。此时，员工可以与公司进行沟通，要求公司按照实际情况处理全勤奖问题，或者寻求劳动监察部门的帮助以维护自己的合法权益。
法律背景与建议：
- 全勤奖的性质：全勤奖是公司为了鼓励员工全月无缺席而设立的一种额外奖励制度，不属于工资范畴。因此，其发放与否、发放标准等均由公司根据自身情况自行决定，但这一决定必须建立在合法合规的基础上，不能侵犯劳动者的合法权益。
- 公司规章制度的合法性：公司在制定规章制度时，应确保内容合理且不违反法律法规。规章制度应经过民主程序制定，并向劳动者进行公示告知，以确保其合法性和有效性。
- 员工权益保护：员工在超休半天前，应仔细阅读公司的规章制度，了解超休对全勤奖的具体影响。如果对公司规章制度有疑问或不满，可以通过与人力资源部门沟通、协商等方式解决。在任何情况下，公司都不得因员工超休而扣减其应得的工资（不含全勤奖等额外奖励）。如果公司违规操作，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自己的合法权益。
可能的后行动与后果：
- 如果公司规章制度合法且明确规定了超休半天会扣除全勤奖，员工应接受处理结果，并在未来注意遵守公司规章制度，避免类似情况再次发生。
- 如果公司规章制度存在模糊之处或未明确规定超休半天会扣除全勤奖，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司按照实际情况处理。如果沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，员工应保留好相关证据，如请假记录、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
总之，超休半天是否要扣全勤奖取决于公司的规章制度。员工在超休前应充分了解公司规定，并在必要时与公司进行沟通协商以保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。