针对您提出的问题，即“用工单位不能证明合法退回被派遣劳动者，但劳动者办理了离职手续，应如何处理”，我们可以从法律角度和实际操作层面进行详细分析。

法律层面分析

首先，我们需要明确的是，用工单位退回被派遣劳动者必须遵循法定条件。根据《劳务派遣暂行规定》第十二条，用工单位可以在特定情形下（如劳动合同法第四十条第三项、第四十一条规定情形，或用工单位被依法宣告破产等）将被派遣劳动者退回劳务派遣单位。若用工单位无法证明其退回行为符合这些法定条件，则可能构成违法退回。

进一步地，如果劳务派遣单位仅依据用工单位的违法退回理由便解除与劳动者的劳动合同，这同样构成违法解除。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，违法解除劳动合同的，劳务派遣单位应支付经济赔偿金。同时，如果用工单位的违法退回行为给劳动者造成了损害，用工单位与劳务派遣单位还需承担连带赔偿责任。

实际操作层面建议

1. 核实退回理由的合法性：

   • 劳动者应首先核实用工单位退回自己的理由是否合法。如果认为退回理由不充分或违法，可以要求用工单位提供充分证据。

2. 与劳务派遣单位沟通：

   • 劳动者应与劳务派遣单位进行沟通，说明自己认为退回行为违法的理由，并要求劳务派遣单位不要仅凭用工单位的退回理由就解除劳动合同。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 如果与用工单位和劳务派遣单位的沟通无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求确认用工单位的退回行为违法，并要求劳务派遣单位支付经济赔偿金。
   • 如果对劳动仲裁结果不服，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

4. 保留相关证据：

   • 在整个过程中，劳动者应保留好与用工单位和劳务派遣单位的沟通记录、劳动合同、工资单等相关证据，以便在需要时提供证明。

结论

综上所述，如果用工单位不能证明其合法退回被派遣劳动者，而劳动者已经办理了离职手续，劳动者有权要求劳务派遣单位不要仅凭用工单位的退回理由就解除劳动合同。如果劳务派遣单位坚持解除，劳动者可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼的方式维护自己的合法权益，并要求用工单位和劳务派遣单位承担相应的法律责任。