公司与癌症员工解除劳动关系赔偿金按医疗期的当地最低工资计算，这一做法通常是不合法的。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 医疗期与工资支付规定：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内，企业应当按照一定比例支付病假工资或疾病救济费，这个比例通常不低于当地最低工资标准的80%。但此规定并未直接说明解除劳动关系时的赔偿金计算方式。
   • 赔偿金与医疗期内的病假工资或疾病救济费是两个不同的概念。赔偿金通常是在劳动关系解除或终止时，因用人单位违反法律规定而需向劳动者支付的经济补偿。

2. 解除劳动关系的赔偿金计算：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除或终止劳动合同的，应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿的标准是按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
   • 因此，赔偿金的计算应当基于劳动者在解除劳动关系前的正常工资水平，而不是医疗期的当地最低工资。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果劳动者在医疗期内，且用人单位因经营困难等原因需要解除劳动关系，应当遵循《劳动合同法》中关于经济性裁员或协商解除的规定，并支付相应的经济补偿或赔偿金。
   • 在任何情况下，用人单位都不能单方面决定以医疗期的当地最低工资作为赔偿金的计算依据，这违反了法律规定，也损害了劳动者的合法权益。

4. 法律建议：

   • 如果您作为癌症员工被公司以医疗期的当地最低工资计算赔偿金并解除劳动关系，您有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司按照法律规定支付赔偿金。
   • 在申请仲裁前，建议您收集好相关证据，如劳动合同、工资单、医疗证明等，以证明您的权益受到侵害。

综上所述，公司与癌症员工解除劳动关系时，赔偿金不能按医疗期的当地最低工资计算。这一做法违反了法律规定，也损害了劳动者的合法权益。如果您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。