员工患癌医疗期结束和公司解除劳动关系时，赔偿的计算基数通常是按医疗期内的病假工资标准或正常工资标准（视具体情况而定）来参考，但直接的经济补偿计算是基于员工在本单位的工作年限和月工资，而非单纯按病前工资或医疗期病假工资。以下是对此问题的详细分析：

一、医疗期内的待遇

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病（包括癌症）需要停止工作医疗时，根据工作年限给予3个月到24个月的医疗期（特殊疾病如癌症一般为24个月）。在医疗期内，公司应支付病假工资或疾病救济费，这部分费用不得低于当地最低工资标准的80%。此时，员工领取的是病假工资，而非正常工资。

二、医疗期满后的处理

医疗期满后，若员工能够从事原工作或公司另行安排的工作，则继续在公司工作并按正常工资待遇支付。若员工不能从事原工作也不能从事公司另行安排的工作，公司可依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，提前30日以书面形式通知员工本人或额外支付1个月工资后解除劳动合同，并支付经济补偿金。

三、经济补偿金的计算

经济补偿金的计算并不直接基于病前工资或医疗期病假工资，而是按照员工在本单位的工作年限和月工资来计算。具体公式为：

经济补偿金 = 工作年限 × 月工资

其中，工作年限每满1年支付1个月工资的标准；6个月以上不满1年的，按1年计算；不满6个月的，支付半个月工资的经济补偿。若员工月工资高于公司所在地区上年度职工月平均工资三倍，经济补偿金的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，但最高不超过十二年。

• 月工资的定义：这里的月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而非单纯指病前工资或医疗期病假工资。

四、特殊情况：职业病认定

如果员工的癌症被认定为职业病，那么情况会有所不同。根据《工伤保险条例》，员工可享受工伤保险待遇，包括医疗费用、康复费用、停工留薪期工资等。停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。若构成伤残，还可享受一次性伤残补助金、伤残津贴等。此时，赔偿的计算和支付将遵循工伤保险的相关规定。

五、建议与注意事项

1. 保留证据：员工应保留好与癌症诊断、治疗相关的所有医疗证据，以及与公司沟通解除劳动关系的相关证据。
2. 了解权益：员工应了解自己在医疗期内的权益，包括病假工资的支付标准、医疗期的长度等。
3. 协商与法律途径：若与公司就赔偿问题产生争议，员工可先尝试与公司协商解决；协商无果的，可依法向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可向人民法院提起诉讼。

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