关于小规模企业是否可以保收留职工的档案这一问题，首先需要明确的是，档案管理是一项具有高度专业性和规范性要求的工作，它直接关系到员工的身份认定、工资调整、职称评定、社会保险以及退休办理等重要事项。
在我国，根据档案管理的相关规定，小规模企业（通常属于民营企业范畴）并不具备直接管理本单位员工人事档案的资质。这主要是因为大多数小规模企业可能无法满足规范的管理流程、安全的保管环境以及专业的管理人员等条件。人事档案的管理一般由具有人事管理权的单位来负责，如国家机关、国有企事业单位等，这些单位设有专门的人事管理部门和档案管理人员，能够确保档案的完整、真实和安全。
然而，对于小规模企业而言，虽然不能直接管理员工档案，但仍有多种合法合规的途径来实现对员工档案的有效管理：
公共就业和人才服务机构： 小规模企业可以将员工档案存放在企业注册地或员工户籍所在地的公共就业和人才服务机构，如当地的人才市场、人力资源服务中心等。这些机构是政府设立的，专门负责档案管理等相关工作，具备专业的档案管理经验和能力，能够提供规范的档案管理服务。
委托管理： 小规模企业也可以选择委托有资质的第三方人力资源服务机构来管理员工档案。这些机构同样具备相应的档案管理能力和资质，能够按照规定为企业提供档案管理服务。
在实际操作中，小规模企业应根据自身情况和员工需求，选择最适合的档案管理方案。同时，企业也应积极与相关部门沟通，了解并遵守档案管理的相关规定，确保员工档案的合法、规范和安全管理。
此外，针对您提到的外地从业者档案存档和社保缴纳的问题，以及资质申请中档案托管证明的要求，这些确实是小规模企业在日常管理中可能遇到的难题。建议您与当地的人力资源和社会保障部门、档案行政管理部门等相关机构进行沟通，了解具体的政策要求和操作流程，以便更好地解决这些问题。