同工同酬按最低工发放，如果违反了“同工同酬”的原则，则是不合法的。下面我来详细解释一下：

同工同酬的原则

《中华人民共和国劳动法》第四十六条规定：“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。”这意味着，对于相同的工作岗位、相同的工作内容，并且付出了同样的劳动工作量、取得了相同的工作业绩的劳动者，应当享有相同的工资待遇。

同工同酬的适用条件

同工同酬的适用条件包括：劳动者的工作岗位及工作内容相同、在相同的工作岗位上付出了与别人同样的劳动工作量、同样的工作量取得了相同的工作业绩。然而，这并不意味着“同工”就必须“同酬”到相同的数额，而是指在同一薪酬体系下，至少应按照该级别的下限工资发放。

实际情况分析

如果公司按照最低档工资发放，但这一最低档工资低于同岗位、同级别的其他员工的工资，或者低于公司规定的该级别工资的下限，那么就可能构成对“同工同酬”原则的违反。例如，如果公司规定S2级别的工资下限为10000元，但实际上却按照9000元发放给某位S2级别的员工，这就违反了“同工同酬”的原则。

法律建议

1. 核查工资体系：首先，建议劳动者核查公司的工资体系，了解自己所在岗位的工资级别和下限。
2. 沟通协商：如果发现工资发放存在问题，可以与人事部门进行沟通，要求按照公司规定的工资体系进行调整，并补齐差额部分。
3. 寻求法律援助：如果公司拒绝调整，劳动者可以寻求工会或法律援助机构的帮助，维护自己的合法权益。

综上所述，同工同酬按最低工发放是否合法，关键在于这一最低工是否符合“同工同酬”的原则和公司规定的工资体系。如果存在问题，劳动者有权要求调整并补齐差额。