公司按最低工资标准支付工资是否合法，需根据具体情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
合法情形
双方有明确约定且符合法律规定
- 若劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定了按照最低工资标准支付工资，且该约定不低于当地政府规定的最低工资标准，则该约定合法。这种情况常见于非全日制用工，双方可能按小时计酬，并符合当地非全日制用工小时最低工资标准。
- 示例：某非全日制员工与用人单位约定，每小时工资为当地非全日制用工小时最低工资标准，且该员工实际工作小时数与约定相符，则用人单位按此标准支付工资合法。
劳动者未正常提供劳动
- 若劳动者因自身原因（如请事假）未能正常提供劳动，用人单位根据相关规定支付工资，可能仅支付不低于最低工资标准的工资。此外，在单位停工、停产等特殊情况下，若劳动者未提供正常劳动，用人单位也需按照不低于当地最低工资标准的一定比例支付生活费，具体依据当地规定执行。
- 示例：某员工因个人原因请事假一周，用人单位根据内部规定，仅支付该员工该周不低于最低工资标准的工资，此做法合法。
不合法情形
低于最低工资标准支付
- 用人单位支付给劳动者的工资若低于当地政府规定的最低工资标准，则明显违法。根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
- 法律后果：用人单位若违反此规定，可能面临劳动行政部门的责令改正、罚款等行政处罚，同时劳动者有权要求用人单位补足差额部分。
劳动者正常提供劳动但工资不合理
- 当劳动者按照劳动合同约定和用人单位的要求正常提供了劳动，且其劳动量和劳动强度达到了相应标准时，若用人单位仅以最低工资标准支付工资，而与劳动者的工作价值和同行业工资水平相差过大，则可能构成不合理的薪酬安排。
- 示例：某员工在用人单位承担重要职责，工作强度大且技术要求高，但用人单位一直按照最低工资标准支付工资，而同行业同等岗位的工资水平远高于此，则用人单位的做法很可能不合法。
综合考量因素
- 在判断用人单位按最低工资标准支付工资是否合法时，还需综合考虑员工的工作表现、能力、贡献以及用人单位的经营状况、岗位情况等因素。
- 用人单位不能随意制定工资标准，而应遵守法律法规，确保工资水平的合理性和公平性。
建议：若您作为劳动者，发现用人单位按最低工资标准支付工资存在不合法情形，可首先与用人单位协商解决；若协商无果，可向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。若您作为用人单位，在制定工资标准时，应严格遵守相关法律法规，确保工资水平的合理性和员工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。