结论前置：合同中约定加班费按最低工资标准支付是不合法的，劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。
详细分析
加班费的计算标准
- 根据《劳动法》及相关法律法规，包括《工资支付暂行规定》，加班费的计算依据是法定的，不能由用人单位与劳动者随意约定。具体来说：
- 延长工作时间：若用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间，需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
- 休息日工作：若用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休，则需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。
- 法定休假节日工作：若用人单位安排劳动者在法定休假节日工作，则需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。
加班费的计算基数确定
- 加班费的计算基数应当是劳动者的正常工作时间工资，而非最低工资标准。具体来说：
- 如果劳动合同中明确约定了工资数额，应当以该约定的工资作为加班费的计算基数。若工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应以各项工资的总和作为基数计发加班费。
- 如果劳动合同没有明确约定工资数额或约定不明确，则应以实际工资作为加班费的计算基数。这包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等所有收入。但需注意，这一基数不得低于当地最低工资标准。
最低工资标准与加班费的关系
- 最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。它是一个保障标准，并非计算加班费的基数。
- 仅以最低工资标准作为计算加班费的基数，往往会导致劳动者实际获得的加班费低于法定标准，从而侵害劳动者的合法权益。
劳动者权益保护
- 如果用人单位在合同中约定按最低工资标准支付加班费，或者在实际操作中按照最低工资标准计算加班费，劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。
- 若用人单位拒绝支付或支付不足，劳动者可以通过法律途径来维护自己的合法权益，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等。
举例说明
假设某劳动者的月工资为5000元，且劳动合同未对加班费计算基数另有约定。若用人单位试图按照当地最低工资标准（如2000元）来计算该劳动者的加班费，这显然是不合法的。正确的做法应该是以该劳动者的正常出勤月工资5000元为基数来核算加班费。
法律建议
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费支付标准的约定，确保自己的合法权益得到保障。
- 若发现用人单位存在违法行为，劳动者应及时与用人单位沟通协商，要求其纠正违法行为并支付应得的加班费。
- 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，合同中约定加班费按最低工资标准支付是不合法的。劳动者应了解自己的权益和法律规定，并在必要时采取法律措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。