实际工资远超最低工资，但合同中加班费按照最低工资标准计算，这样的做法通常是不合法的。下面我将从不同角度为您详细分析：
一、加班费计算基数的法定原则
根据《工资支付暂行规定》及相关劳动法律法规，加班费的计算基数原则上应按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定。若劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应以实际工资作为计算基数。实际工资通常涵盖基本工资、岗位工资、奖金、津贴、补贴等，是劳动者在正常工作时间内提供劳动后应得的报酬。
二、合同约定与实际工资不符的处理
若劳动合同明确约定了工资数额：加班工资应按约定工资为基数计算，不能仅以最低工资标准算。例如，劳动者和单位约定月工资5000元，就应以此为基数核算加班工资。若单位仅按最低工资标准计算，则违反了法定原则，属于不合法行为。
若劳动合同未约定工资数额：实践中通常以正常出勤月工资剔除非常规性奖金、福利性、风险性等项目后的数额确定加班工资基数。若该基数高于最低工资标准，按最低工资标准算加班工资同样不合法。
三、特殊情况下的合法性判断
存在一种特殊情况，即如果劳动合同明确约定以最低工资标准作为加班费计算基数，且该约定不违反法律、行政法规强制性规定，同时劳动者正常工作时间工资不低于当地最低工资标准，那么这样的约定可能会被认定有效。但这种情况较为少见，且需严格符合法律规定。在实际操作中，用人单位往往难以证明其约定的合法性，因此这种特殊情况并不常见。
四、劳动者的维权途径
若用人单位以最低工资标准计算加班费，损害了劳动者的合法权益，劳动者可采取以下措施维权：
与单位协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并依法处理。
申请劳动仲裁：劳动者还可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自身权益。
建议：作为劳动者，在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算基数的约定。若发现合同中存在不合法或不合理的条款，应及时与用人单位沟通并寻求修改。同时，劳动者应保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在维权时提供有力支持。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。