在综合工时制下，如果员工每月的加班时间超过了36小时，那么超出的部分应被视为延长工作时间，并且需要按照特定的规则来支付加班工资。

首先，我们需要确定员工的小时工资基数。这个基数是通过将员工的月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）再除以每日的标准工作时间（8小时）来得出的。例如，如果员工的月工资收入为5000元，那么其小时工资基数就是5000元除以21.75天再除以8小时，结果约为28.74元/小时。

接下来，对于超出36小时的加班时间，我们需要按照不低于员工本人小时工资标准的150%来支付加班工资。继续上面的例子，如果员工在该月加班超出了36小时，共加班了10小时，那么其加班工资就是28.74元/小时乘以150%再乘以10小时，结果约为431.1元。

此外，值得注意的是，如果在法定节假日安排员工工作，那么无论综合工时是否超过36小时，都需要按照不低于员工本人日或小时工资标准的300%来支付加班工资。

最后，企业需要确保依法足额支付员工的加班工资。如果未能做到这一点，员工有权通过合法途径来维护自己的权益，比如向劳动行政部门投诉或者申请劳动仲裁。同时，企业也可能因此面临劳动行政部门的监管与处罚。

总的来说，综合工时制下的加班工资支付是一个涉及多个方面的复杂问题，企业需要严格遵守相关法律法规，确保员工的权益得到妥善保障。