关于单位设立二级考勤是否合法的问题，这主要取决于单位内部的规章制度以及是否遵循了相关法律法规。以下是对此问题的详细解答：
一、单位设立二级考勤的合法性依据
内部规章制度：单位有权根据自身的业务特点和管理需求，制定相应的考勤管理制度。这些制度应当明确考勤的对象、方法、时间以及考勤结果的运用等，并确保制度的公平、公正和透明。
法律法规遵循：在制定考勤制度时，单位必须遵守国家相关的法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等，确保考勤制度的合法性和合规性。例如，考勤制度不能违反关于工作时间、休息休假等法律规定。
二、二级考勤的具体实施
考勤对象的明确：二级考勤通常指的是在单位内部对不同部门或岗位进行分层次的考勤管理。单位应明确哪些部门或岗位需要实行二级考勤，以及考勤的具体要求和标准。
考勤方法的合理性：二级考勤的方法应科学合理，既要能够准确反映员工的出勤情况，又要便于操作和管理。例如，可以采用打卡机、面部识别系统等方式进行考勤，确保考勤数据的准确性和可靠性。
考勤时间的设定：单位应根据实际情况合理设定考勤时间，包括上下班签到、签退的时间以及特殊岗位的考勤时间等。同时，要确保考勤时间的设定符合法律法规关于工作时间和休息休假的规定。
考勤结果的运用：考勤结果应作为员工绩效考核、奖惩以及晋升等的重要依据。单位应明确考勤结果与员工个人利益之间的关联，激励员工遵守考勤制度，提高工作效率和纪律性。
三、注意事项
制度公开透明：单位应确保考勤制度的公开透明，让员工充分了解考勤的具体要求和标准。同时，要建立健全的申诉机制，允许员工对考勤结果提出异议并进行申诉。
法律风险防范：在制定和实施二级考勤制度时，单位应注意防范法律风险。例如，要避免因考勤制度不合理或执行不当而引发的劳动争议和纠纷。
综上所述，单位设立二级考勤是合法的，但前提是必须遵守国家相关的法律法规，并确保考勤制度的公平、公正和透明。在实施过程中，单位应明确考勤对象、方法、时间以及考勤结果的运用等，并建立健全的申诉机制，以维护员工的合法权益和单位的正常管理秩序。